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Thèses en cours


BASSIGNANI Ariane .
Intégration et analyse de données de métaprotéomique quantitative en shotgun pour explorer les fonctionnalités du microbiote intestinal humain dans le cadre des maladies cardiométaboliques ED 394 (Physiologie Physiopathologie et Thérapeutique UPMC Sorbonne Universités) Début thèse : 01/2017
Directeur de thèse : C. Juste (INRA, MICALIS)
Encadrant(s) : S. Plancade (INRA, MaIAGE), M. Berland (INRA, MGP) - Equipe(s): StatInfOmics

BICHAT Antoine.
Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles ED574 EDMH Début thèse : 01/2018
Directeur de thèse : C. Ambroise (Lamme, U. Evry)
Encadrant(s) : M. Mariadassou (MaIAGE, iNRA Jouy-en-Josas), J. Plassais (Enterome) - Equipe(s): StatInfOmics

BODEIT Oliver.
Large-scale economic model of growing budding yeast Charité - Universitätsmedizin Berlin Début thèse : 02/2018
Directeur de thèse : E. Klipp (Institut de Biophysique, Humboldt-Universität zu Berlin)
Encadrant(s) : W. Liebermeister (MaIAGE-INRA) - Equipe(s): BioSys

CRISTANCHO-FAJARDO Lina.
"Modeling of epidemic spreading through animal trade networks accounting for farmers decision making : assessment of control strategies for enzootic diseases." ED 581 - ABIES - AgroPariTech Début thèse : 01/2019
Directeur de thèse : P. Ezanno (BioEpar, INRA Nantes), E. Vergu (MaIAGE-INRA)
Encadrant(s) : E. Vergu (MaIAGE-INRA) - Equipe(s): Dynenvie

DARRIGADE Léo.
Modélisation du dialogue hôte-microbiote au voisinage de l’épithélium de l’intestin distal EDMH Début thèse : 11/2017
Directeur de thèse : B. Laroche
Encadrant(s) : B. Laroche (MaIAGE), S. Labarthe (MaIAGE), C. Cherbuy (MICALIS), M. Thomas (MICALIS) - Equipe(s): Dynenvie

DIOP Ousmane.
Analyse mathématique de la dynamique de réseaux de régulation biologique ED STIC Université Paris-Saclay Début thèse : 10/2017
Directeur de thèse : V. Fromion (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
Encadrant(s) : L. Tournier (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipe(s): BioSys

FERRE Arnaud.
Acquisition automatique de connaissances à partir d’articles scientifiques pour la modélisation du développement de la graine chez Arabidopsis thaliana ED STIC Début thèse : 10/2015
Directeur de thèse : C. Nédellec (Inra), P. Zweigenbaum (CNRS)
- Equipe(s): Bibliome

GARNAULT Maxime.
Composantes du risque de résistance aux fongicides anti-septoriose chez Zymoseptoria tritici et identification de stratégies anti-résistance durables. ABIES (AgroParisTech) Début thèse : 11/2016
Directeur de thèse : Olivier David (MaIAGE, INRA)
Encadrant(s) : Christian Lannou (INRA), Anne-Sophie Walker (INRA Grignon), Florence Carpentier (INRA Grignon), Olivier David (INRA) - Equipe(s): Dynenvie

KAMARI Halaleh.
"Qualité prédictive de méta-modèles construits sur des espaces RKHS et analyse de sensibilité de modèles complexes. Prédiction de la transition du métabolisme de la feuille du maïs." ED574 EDMH Début thèse : 10/2016
Directeur de thèse : ML. Taupin (UMR statistique et Génome, U. Evry)
Encadrant(s) : S. Huet (MaIAGE, INRA Jouy en Josas), ML. Taupin (UMR statistique et Génome, U. Evry) - Equipe(s): StatInfOmics

KCHOUK Mehdi.
Pas encore déterminé Ecole doctorale de Mathématiques, Informatique, Sciences et Technologies de la Matière (MISTM), Université Tunis El-Manar (Tunisie) Début thèse : 10/2014
Directeur de thèse : M. Elloumi
Encadrant(s) : J-F Gibrat - Equipe(s): StatInfOmics

LAO JULIE.
Création d'un outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs dans les génomes de Firmicutes RP2E - Ressources Procédés Produits Environnement Début thèse : 11/2017
Directeur de thèse : N. LEBLOND-BOURGET (DynAMic, Inra Nancy) et H. CHIAPELLO (MaIAGE, Inra Jouy)
- Equipe(s): StatInfOmics

LU Yunjiao.
Dynamiques intracellulaires et imagerie de super-résolution : la paroi bactérienne sondée à l'échelle moléculaire MathSTIC Début thèse : 10/2017
Directeur de thèse : Charles Kervrann
Encadrant(s) : Charles Kervrann, Alain Trubuil, Rut Carballido-Lopez - Equipe(s): BioSys

MONTAGNON Pierre.
Dynamiques de populations et propagation d'épidémies sur des graphes dynamiques ED574 EDMH Début thèse : 10/2016
Directeur de thèse : Vincent Bansaye (Ecole Polytechnique : CMAP)
Encadrant(s) : Vincent Bansaye (Ecole Polytechnique : CMAP), Elisabeta Vergu (INRA, MaIAGE) - Equipe(s): Dynenvie

MOULIN Cécile.
"Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire: application au métabolisme du cancer" ED STIC Université Paris Saclay Début thèse : 10/2016
Directeur de thèse : S. Peres (LRI, Université Paris Saclay)
Encadrant(s) : L. Tournier (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipe(s): BioSys

NARCI Romain.
Inférence dans des modèles de diffusion à effets mixtes pour des dynamiques épidémiques récurrentes et multisite EDMH (Ecole Doctorale 574 Mathématiques Hadamard), Université Paris Sud - Paris Saclay Début thèse : 10/2018
Directeur de thèse : C. Laredo (MaIAGE-INRA)
Encadrant(s) : C. Laredo, E. Vergu (MaIAGE-INRA), M.Delattre (AgroParitech) - Equipe(s): Dynenvie

OODALLY Ajmal.
Estimation dans les modèles de fragilité à corrélations spatiales à partir d'une vraisemblance partielle pour analyser la propagation de la malaria en Ethiopie EDMH Début thèse : 10/2017
Directeur de thèse : KUHN Estelle
Encadrant(s) : KUHN Estelle, DUCHATEAU Luc - Equipe(s): Dynenvie

SULTAN Ibrahim.
Transcriptional regulatory network reconstruction from sequence and expression data Ecole Doctorale SDSV (Structure et Dynamique des Systèmes Vivants) de l'Université Paris-Saclay. Début thèse : 10/2015
Directeur de thèse : S. Schbath (MaIAGE, INRA Jouy en Josas)
Encadrant(s) : P. Nicolas (MaIAGE, INRA Jouy en Josas) - Equipe(s): StatInfOmics

VILA NOVA Meryl.
Méthode automatique de typage bactérien par pangénome et variants alléliques à partir de séquençage à haut débit ABIES Début thèse : 10/2016
Directeur de thèse : M.-Y. Mistou (Anses)
Encadrant(s) : N. Radomski (Anses), M. Mariadassou (INRA) - Equipe(s): StatInfOmics

ZAAROUR Marwa.
Analysis and rerouting of cellular resources for improvement of heterologous protein production in Bacillus subtilis. ED SVDV Début thèse : 09/2015
Directeur de thèse : V. Sauveplane (MICALIS, INRA Jouy)
Encadrant(s) : V. Fromion, A. Goelze (MaIAGE, INRA Jouy), M. Jules (MICALIS, INRA Jouy) - Equipe(s): BioSys


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by Dr. Radut