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Contrats et projets en cours


ACToP
- ANR blanche - anr-2015-aap-generique  Défi : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE  Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2018)
Titre : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach

Participants : P. Nicolas, C. Guérin -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)

Coordinateur : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)

AMAIZING
- ANR - Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019)
Titre : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection

Participants : H. Monod, E. Kuhn -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ...

Coordinateur : A. Charcosset (INRA, Le Moulon)

API-SMAL
- LABEX BASC (2017-2020)
Titre : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes (API-SMAL)

Participants : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod -
Equipe(s): Dynenvie
Coordinateur : V.Martinet (INRA, Economie Publique)

CADENCE
- ANR AAP Générique  Défi : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique" (01/2017-09/2021)
Titre : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France

Participants : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau

Coordinateur : E. Vergu

Cecotype
- GISA - AMI2017 (2018-2019)
Titre : CecoType: Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates responsible for skeletal disorders in fast growing broilers.

Participants : V. Loux, A.-L. Abraham -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : INRA Micalis, INRA MaIAGE, INRA ISP, INRA URA

Coordinateur : P. Serror

COSAC
- ANR - productions durables 2014 (10/2014-10/2019)
Titre : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement(climat, usage des terres, pratiques agricoles, biodiversité)

Participants : JP Gauchi -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,

Coordinateur : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon)

Dallish
- ANR - Appel Générique  Défi : Société de l'information et de la communication  Axe : Données, Connaissances , Données massives (2016-2019)
Titre : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell

Participants : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche -
Equipe(s): Dynenvie / BioSys
Partenaires : INRIA-SERPICO, Institut Curie, MaIAGE

Coordinateur : C. Kervrann (INRIA Rennes)

D-ONT
- CI pépinière Phase 2015 (2015-2018)
Titre : Exploitation optimisée des bases de données phénotypiques - Des ontologies pour le partage d’information

Participants : Louise Deléger, Robert Bossy -
Equipe(s): Bibliome / BioSys
Partenaires : LPGP, PEGASE, PRC, UMRH, MaIAGE, Mosar, CATI SICPA

Coordinateur : Isabelle Hue et Claire Nédellec

ECONET
- ANR blanche - ANR blanche  Défi : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes  Axe : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity (2018-2022)
Titre : Advanced statistical modelling of ecological networks

Participants : M. Mariadassou -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille)

Coordinateur : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM)

E-NOVFOOD
- MEtaprogram MEM (2018-2019)
Titre : Linking a phenotypic and a network food microbe data bases: an application for food microbial ecology and food innovation.

Participants : Robert Bossy, Louise Deléger, Sandra Dérozier, Valentin Loux, Claire Nédellec -
Equipe(s): Bibliome / Migale
Partenaires : SPO, MaIAGE, GQE, ONIRIS, BIA, URTAL, MICALIS, LRF, GMPA, Univ. Naples

Coordinateur : H. Falentin (STLO, Inra Rennes)

ESPACE
- Metaprogramme SMaCH (2018-2022)
Titre : Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures

Participants : Katarzyna Adamczyk -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : BioSP (MIA, Avignon), Bioger (Grignon), PSH (SPE, Avignon), UMR Agroécologie (Dijon), IGEPP (Rennes)

Coordinateur : Florence Carpentier (Bioger, SPE), Olivier Martin (BioSP,MIA)

FlavoPatho
- ANR blanche - AAPG 2017 - JCJC  Défi : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique" (2018-2022)
Titre : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.

Participants : C. Guérin, P. Nicolas -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : INRA VIM

Coordinateur : T. Rochat (INRA VIM)

Florilege
- MEM - Action ciblée MEM (2016-2018)
Titre : Florilege

Participants : S. Derozier, V. Loux, C. Nedellec, R. Bossy, L. Deleger, E. Chaix, J-B. Bohuon -
Equipe(s): Bibliome / Migale
Partenaires : STLO, MICALIS, URF

Coordinateur : H. Falentin

FoodMicrobiome Transfert
- AO CNIEL (01/2015-03/2019)
Titre : Food-Microbiomes Transfert

Participants : A-L Abraham, S. Derozier, V. Loux, T. Guirimand, Q. Cavaillé -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : CNIEL, Micalis

Coordinateur : P. Renault (MICALIS)

France Génomique
- ANR - Investissement d'avenir (2013-2019)
Titre : France Génomique

Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France

Coordinateur : P. Le Ber

GFLS
- IFB - Appel à projet IFB 2015 (2016-2019)
Titre : Galaxy For Life Science

Participants : Olivier Inizan Valentin Marcon -
Equipe(s): Migale
Partenaires : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI

Coordinateur : Olivier Inizan

GRAAL
- ANR blanche (2014-2019)
Titre : GRaphes et Arbres ALéatoires

Participants : P. Hoscheit -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : IECL (Université de Lorraine Institut Elie Cartan de Lorraine), LaBRI (Université de Bordeaux)

Coordinateur : Thomas Duquesne (LPMA)

GutMicrobiotaSpodo
- Action ciblée MEM - Action ciblée MEM (2017-2019)
Titre : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua

Participants : V. Loux, O. Rué -
Equipe(s): Migale
Partenaires : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), INRA MAIAGE (Platform MIGALE), CNRS IRBI

Coordinateur : S. Gaudriault

HydroGen
- ANR blanche (2014-2018)
Titre : Comparative Metagenomic for Exploring Biodiversity. Application to Ocean Stream Studies

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : IRISA (Rennes), UMR 518 AgroParisTech-INRA (Paris), Genoscope (Evry)

Coordinateur : D. Lavenier

ICycle
- ANR - AAP générique  Défi : Défi 7: Société de l'information et de la communication.  Axe : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-01/2020)
Titre : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes

Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer -
Equipe(s): BioSys
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)

Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)

IRONMANOMICS
- MEM 2018 (2018-2020)
Titre : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron

Participants : S Labarthe, B Laroche, V Loux -
Equipe(s): Dynenvie / Migale
Partenaires : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich

Coordinateur : MC Champomier-Verges

ITEMAIZE
- LABEX BASC - AAP projets phare (2016-2019)
Titre : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution

Participants : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin -
Equipe(s): Bibliome / Dynenvie
Partenaires : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS

Coordinateur : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)

ITN ProteinFactory
- ITN (2015-2018)
Titre : ITN ProteinFactory

Participants : V. Fromion, A. Goelzer -
Equipe(s): BioSys
Coordinateur : Jan Maarten Van Dijls

KINETICKS
- MEM 2018 (2018-2020)
Titre : KineTicks: Network and modelling analyses to describe the dynamics of the Ixodes ricinus microbiome and its influence in pathogen dynamics

Participants : B Laroche, S Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : BIPAR (Maisons Alfort), EPIA (Theix), MIA Paris

Coordinateur : T Pollet (INRA UMR BIPAR, Maisons Alfort)

List_MAPS
- H2020 - ITN (10/2015-12-2019)
Titre : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis

Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics / BioSys
Partenaires : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...

Coordinateur : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)

MetaFoldScan
- MEM - MEM 2016 (2016-2018)
Titre : MetaFoldScan aims at developing a user-friendly interface -experimentally validated- to scan metagenomes and identify fold hits associated to a target protein structurally characterized and with an identified activity.

Participants : V. Martin, S. Derozier, V. Loux, JM. Chatel, Nalini Rama Rao -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Micalis

Coordinateur : G. André-Leroux

Meta PDO cheeses
- France-Génomique - Appel à Grands Projets FRance-Génomique (2017-2021)
Titre : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels

Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL

Coordinateur : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)

MicrobNO
- Métaprogramme MEM - action ciblée (2017-2018)
Titre : Impact of the host nitrogen response following bacterial infection on the microbiota

Participants : P. Nicolas, V. Loux, C. Guérin -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : Micalis UMR1319, MaIAGE UMR1404, ISP UMR1282, MIC U454

Coordinateur : Nalini Rama-Rao (INRA MICALIS)

MICROCOSM
- MEM - Action spécifique (2016-2018)
Titre : Multi-site exploration of microbiome in cows in relation to genetic susceptibility to mastitis

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : IHAP (Toulouse), BDR (jour), ISP, BAGI (Jouy), Herbivores, DEP, STLO (Rennes)

Coordinateur : Sereine Even

ModChoCycle
- MEM 2016 (2016-2018)
Titre : Modeling the cholesterol cycle with the interplay between the host and gut microbiota

Participants : S.Labarthe, B.Laroche -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : Micalis/INRA (Jouy-en-Josas)

Coordinateur : M.Rhimi (INRA, Jouy-en-Josas)

MoMIR-PPC
- ANR blanche - H 2020 EJP MedVet (2018-2020)
Titre : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials

Participants : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES

Coordinateur : P. Velge (ISP, Tours)

OpenMinTeD
- H2020 - E-INFRA H2020 (06/2015-05/2018)
Titre : Open Mining INfrastructure for TExt and Data

Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger -
Equipe(s): Bibliome
Partenaires : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers

Coordinateur : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)

PREDIGE
- Métaprogramme SELGEN - Appel à projet et manifestation d’intérêt 2017 (2018-2019)
Titre : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement

Participants : E. Kuhn, M. Delattre -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand

Coordinateur : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)

ProteoCardis
- ANR - A PPEL A PROJETS GENERIQUE 2015  Défi : Vie Santé Bien-être (2015-2019)
Titre : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE

Participants : V. Monnet (INRA, Jouy), C. Carapito (CNRS, Strasbourg), J.M. Batto (INRA, Jouy), K. Clement (ICAN, Paris), S. Huet -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris), MaIAGE (Jouy)

Coordinateur : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)

Proteore
- AAP IFB 2015 - Appel à Projets IFB (11/2016-11/2018)
Titre : Provide the life science community with a collaborative research online services that would enable end-users to further explore their proteomics data by sharing workflows and experiments. To this goal, we propose to design and to deploy on the web ProteoRE (Proteomics Research Environment), a workflow for downstream analysis of proteomics data and for protein list interpretation .

Participants : S. Dérozier, O.Rué, V. Loux, Lien Nguyen -
Equipe(s): Migale
Partenaires : CEA Edyp

Coordinateur : Y. Vandenbrouck

Site internet : http://www.proteore.org

REDLOSSES
- ANR - AAPG2016  Défi : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020)
Titre : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques

Participants : V. Loux, O. Rué -
Equipe(s): Migale
Partenaires : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA

Coordinateur : Monique Zagorec

REMOVE
- APE MICA 2018 (2018-2020)
Titre : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci

Participants : B Laroche, S Labarthe -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : MICALIS, MaIAGE

Coordinateur : L Rigottier

SANT'Innov
- PSDR GO - PSDR4 (11/2015-11/2019)
Titre : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale

Participants : E. Vergu -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; INRA UR 1404 MaIAGE; huit autres partenaires

Coordinateur : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)

SystOmics
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2018)
Titre : Systems approaches to study microbial consortia: Integrating meta-omics data to elucidate the functioning of lignocellulolytic microbial consortia.

Participants : M. Mariadassou, S. Plancade -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : LISBP, BPS (Toulouse), MaIAGE (Jouy-en-Josas)

Coordinateur : G. Hernandez-Raquet

TANGO
- appel à projet CNIEL (2018-2020)
Titre : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.

Participants : S. Labarthe, B. Laroche -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : STLO

Coordinateur : H. Falentin (STLO, Rennes)

Virome Access
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2018)
Titre : Accessing to virus genomes out of metagenomics data: improving statistical and bio-informatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Micalis, MaIAGE (Jouy-en-Josas), GMPA (Grignon), LBE (Narbonne)

Coordinateur : S. Chaillou, M.-A. Petit

Visa TM
- BSN (01/2017-12/2018)
Titre : Vers une infrastructure de services avancés pour le text-mining

Participants : Bibliome -
Equipe(s): Bibliome
Partenaires : INIST, LIRMM, DIST

Coordinateur : C. Nédellec


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by Dr. Radut