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Contrats et projets en cours


ACToP
- ANR blanche - anr-2015-aap-generique  Défi : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE  Axe : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2018)
Titre : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach

Participants : P. Nicolas, C. Guérin -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)

Coordinateur : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)

AMAIZING
- ANR - Investissement d'avenir - Initiatives d'Excellence "Biotechnologies et Bioressources" (2011-2019)
Titre : Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable: une approche intégrée de la génomique à la sélection

Participants : H. Monod, E. Kuhn -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : UMR GV du Moulon, LEPSE Montpellier, UMR MIA Paris, ...

Coordinateur : A. Charcosset (INRA, Le Moulon)

CADENCE
- ANR AAP Générique  Défi : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique" (01/2017-09/2021)
Titre : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France

Participants : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau

Coordinateur : E. Vergu

CNV4SEL
- Métaprogramme SELGEN - AMI2015 (2015-2017)
Titre : Strategies for CNV discovery in animal and plant species and their use in breeding

Participants : V. Loux, S. Derozier -
Equipe(s): Migale
Partenaires : GABI, SIgenae, URGI, MIA, AGAP, PEGASE, GENPHYSE,AGPF, EPGV

Coordinateur : Dominique Rocha (GABI, Jouy en Josas)

COSAC
- ANR - productions durables 2014 (10/2014-10/2019)
Titre : Évaluation et Conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement(climat, usage des terres, pratiques agricoles, biodiversité)

Participants : JP Gauchi -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA 1347 Agroécologie (Dijon), INRA 1240 ECO-INNOV (Versailles), INRA 1132 LAE (Colmar), INRA 1115 PSH (Avignon), ACTA, ARVALIS, CETIOM, INVIVO AGROSOLUTIONS,

Coordinateur : Nathalie Colbach (INRA / EA - Dijon)

D-ONT
- CI pépinière Phase 2015 (2015-2018)
Titre : Exploitation optimisée des bases de données phénotypiques - Des ontologies pour le partage d’information

Participants : Louise Deléger, Robert Bossy -
Equipe(s): Bibliome / BioSys
Partenaires : LPGP, PEGASE, PRC, UMRH, MaIAGE, Mosar, CATI SICPA

Coordinateur : Isabelle Hue et Claire Nédellec

France Génomique
- ANR - Investissement d'avenir (2013-2019)
Titre : France Génomique

Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin -
Equipe(s): StatInfOmics / Migale
Partenaires : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France

Coordinateur : P. Le Ber

GRAAL
- ANR blanche (2014-2019)
Titre : GRaphes et Arbres ALéatoires

Participants : P. Hoscheit -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : IECL (Université de Lorraine Institut Elie Cartan de Lorraine), LaBRI (Université de Bordeaux)

Coordinateur : Thomas Duquesne (LPMA)

HydroGen
- ANR blanche (2014-2018)
Titre : Comparative Metagenomic for Exploring Biodiversity. Application to Ocean Stream Studies

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : IRISA (Rennes), UMR 518 AgroParisTech-INRA (Paris), Genoscope (Evry)

Coordinateur : D. Lavenier

ICycle
- ANR - AAP générique  Défi : Défi 7: Société de l'information et de la communication.  Axe : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-2020)
Titre : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes

Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer -
Equipe(s): BioSys
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)

Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)

ITN ProteinFactory
- ITN (2015-2018)
Titre : ITN ProteinFactory

Participants : V. Fromion, A. Goelzer -
Equipe(s): BioSys
Coordinateur : Jan Maarten Van Dijls

List_MAPS
- H2020 - ITN (10/2015-12-2019)
Titre : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis

Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics / BioSys
Partenaires : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...

Coordinateur : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)

MetaFoldScan
- MEM - MEM 2016 (2016-2018)
Titre : MetaFoldScan aims at developing a user-friendly interface -experimentally validated- to scan metagenomes and identify fold hits associated to a target protein structurally characterized and with an identified activity.

Participants : V. Martin, S. Derozier, V. Loux, JM. Chatel, Nalini Rama Rao -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Micalis

Coordinateur : G. André-Leroux

MICROCOSM
- MEM - Action spécifique (2016-2017)
Titre : Multi-site exploration of microbiome in cows in relation to genetic susceptibility to mastitis

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : IHAP (Toulouse), BDR (jour), ISP, BAGI (Jouy), Herbivores, DEP, STLO (Rennes)

Coordinateur : Sereine Even

ModChoCycle
- MEM 2016 (2016-2018)
Titre : Modeling the cholesterol cycle with the interplay between the host and gut microbiota

Participants : S.Labarthe, B.Laroche -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : Micalis/INRA (Jouy-en-Josas)

Coordinateur : M.Rhimi (INRA, Jouy-en-Josas)

OpenMinTeD
- H2020 - E-INFRA H2020 (06/2015-05/2018)
Titre : Open Mining INfrastructure for TExt and Data

Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger -
Equipe(s): Bibliome
Partenaires : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers

Coordinateur : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)

P-AHOL
- Metaprogram Gisa - réseau (2016-2017)
Titre : Platform for integrating Animal Health in an operational Ontology Tool on Animal Livestock

Participants : Bibliome -
Equipe(s): Bibliome
Partenaires : Pégase (Rennes), Bioepar (Nantes), LPGP (Rennes), dépt SA (Val de Loire), GABI (Jouy), UMRH (Theix), MaIAGE (Jouy), GenPhySE (Toulouse)DEP (Rennes)

Coordinateur : Marie-Christine Salaün (Pegase, Inra)

PTP- ORF virus
- Ecos-Sud Uruguay - Ecos-Sud (01/2015-12/2017)
Titre : Caractérisations structurale et fonctionnelle de la Protéine Tyrosine-phosphatase (PTP) du virus Orf, l’agent étiologique de l’Echtyma Contagieux, chez les ovins.

Participants : Andrea Villarino (coordinatrice en Uruguay), Mahendra Mariadassou, Mabel Berois, Dario Porley. -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Faculté des Sciences de Montevideo, Sections Biochimie, Biologie moléculaire et Immunologie

Coordinateur : Gwenaëlle André-Leroux (Inra, Jouy-en-Josas)

REDLOSSES
- ANR - AAPG2016  Défi : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020)
Titre : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques

Participants : V. Loux, O. Rué -
Equipe(s): Migale
Partenaires : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA

Coordinateur : Monique Zagorec

SANT'Innov
- PSDR GO - PSDR4 (11/2015-11/2019)
Titre : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale

Participants : E. Vergu -
Equipe(s): Dynenvie
Partenaires : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; INRA UR 1404 MaIAGE; huit autres partenaires

Coordinateur : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)

SystOmics
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2017)
Titre : Systems approaches to study microbial consortia: Integrating meta-omics data to elucidate the functioning of lignocellulolytic microbial consortia.

Participants : M. Mariadassou, S. Plancade -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : LISBP, BPS (Toulouse), MaIAGE (Jouy-en-Josas)

Coordinateur : G. Hernandez-Raquet

UGeBio
- INRA - AgriBio 4 (2015-2018)
Titre : Utilisation et gestion de la biodiversité cultivée en agriculture biologique

Participants : O. David -
Equipe(s): Dynenvie
Coordinateur : Isabelle Goldringer (INRA, UMR de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, 91 190 Gif sur Yvette)

Virome Access
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2018)
Titre : Accessing to virus genomes out of metagenomics data: improving statistical and bio-informatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath -
Equipe(s): StatInfOmics
Partenaires : Micalis, MaIAGE (Jouy-en-Josas), GMPA (Grignon), LBE (Narbonne)

Coordinateur : S. Chaillou, M.-A. Petit

Visa TM
- ANR blanche (2017-2018)
Titre : Vers une infrastructure de services avancés pour le text-mining

Participants : Bibliome -
Equipe(s): Bibliome
Partenaires : DIST-INRA, LIRMM, INIST

Coordinateur : claire Nédellec


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by Dr. Radut