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FoodMicrobiome Transfert

Indéfini
Titre du projet: 
Food-Microbiomes Transfert
Coordinateur: 
P. Renault (MICALIS)
Participants: 
A-L Abraham, S. Derozier, V. Loux, T. Guirimand, Q. Cavaillé
Partenaires: 
CNIEL, Micalis
Début-fin: 
01/2015-03/2019
Année de fin: 
Dimanche, Mars 31, 2019
Appel d'offre: 
AO CNIEL
Equipe(s): 
StatInfOmics
Migale
Résumé: 

Un outil métagénomique a été conçu dans le cadre de l’ANR Food-Microbiomes. Il consiste en une chaine d’analyse informatique permettant d’exploiter les résultats de séquençage très haut-débit  d’ADN extrait de matrice fromagère afin de reconstituer une vue de l’écosystème précise, avec la composition en espèce/sous-espèce sur une profondeur de 104-105, la composition en gène sur une profondeur de 103, et une variabilité nucléotidique sur une profondeur de ~102. La chaine informatique est composée d’une base de données génomiques, un ensemble de logiciel de traitement de séquence, et enfin d’applicatif permettant de filtrer/affiner les résultats.

L’utilisation de cet outil permet de développer des approches métagénomiques des écosystèmes fromagers et ainsi de faciliter les investigations microbiologiques en R&D telles que la dynamique des populations au cours de procédé, la recherche des sources des flores dans le fromage, etc… L’utilisation de cet outil par les professionnels de la filière lait nécessite cependant (i) la définition précise des rapports attendus de la chaine d’analyse afin de répondre aux questionnements généralement posés par les professionnels, (ii) la constitution d’interfaces facilitant l’accès de la technologie aux entreprises n’ayant pas la capacité de recruter un personnel très spécialisé et (iii) l’extension aussi large que possible des connaissances génomiques des microorganimes de l’écosystème fromager.

Il est attendu que l’extension de la base de connaissance génomique et la détermination plus précise qu’auparavant de la composition des écosystèmes fromagers entrainera des questionnements sur le rôle, l’impact technologique et sanitaire et l’origine de microorganismes encore peu étudiés dans les fromages. L’utilisation des données génomiques et métagénomiques incrémentées dans la base de données développées dans ce travail devrait contribuer à y répondre.



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Contrat | by Dr. Radut