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12 mars 2018

Indéfini
Heure et lieu: 
11h, salle de réunion, bâtiment 210
Nom intervenant: 
Marie-Laure Martin-Magniette
Titre: 
Modèles de mélange gaussiens et de graphes pour mieux comprendre la réponse aux stress de la plante modèle Arabidopsis
Résumé: 
Les données transcriptomiques sont la source la plus importante de données disponibles actuellement sur les organismes. Pour la plante modèle Arabidopsis, son transcriptome a pu être mesuré dès le début des années 2000 par des puces à ADN. Depuis 2010, nous avons entrepris de faire une étude globale de la réponse aux stress de la plante. Après une présentation du contexte biologique, je présenterai une analyse de coexpression de plusieurs catégories de stress réalisée à l'aide de mélanges gaussiens. Dans la seconde partie de l'exposé, je vous présenterai la construction d'un réseau de corégulation et comment l'étude de ce réseau avec un modèle de mélange de graphes (Stochastic Block Models) a permis de prédire la fonction de certains gènes mal annotés et d'identifier une voie de réponse aux stress.
Année: 
2018
Organisme intervenant: 
AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA / IPS2
Date du jour: 
Lundi, Mars 12, 2018


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