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Inscription au Workshop "Recent advances in cell & cell community modeling"

Le projet labélisé B2SRI, avec le soutien des départements SdV, STIC et Math de l'Université Paris-Saclay, organise un workshop international du lundi 13 novembre 2017 au mercredi 15 novembre 2017 intitulé "Recent advances in cell and cell community modeling", ouvert à toute la communauté scientifique de Paris-Saclay intéressée par ces sujets.

Résumé: Ce workshop abordera les défis techniques caractéristiques au développement des modèles cellulaires entières. Les présentations décriront les modèles de cellules entières englobant le métabolisme, la synthèse des protéines et autres sous-systèmes cellulaires, ainsi que plusieurs modèles multicellulaires décrivant des tissus ou des communautés microbiennes. Dans la partie pratique du workshop, nous explorerons les moyens d'automatiser le plus possible la construction de ces modèles, le couplage entre sous-modèles et l'utilisation possible de standard comme le SBML pour le couplage des modèles de cellules hétérogènes. Nous discuterons de l’utilisation du package  SBML « comp » pour le couplage entre modèles dynamiques et stoechiométrique, ainsi que des nouveaux formats de fichiers basés sur du XML et SBML pour décrire les modèles de type allocation de ressources.

Summary: This workshop on modeling cells and cell communities addresses technical challenges characteristic of complex and modular cell models. The presentations will describe whole-cell models encompassing metabolism, protein expression, and other cellular subsystems, as well as multi-cell models describing tissues or microbial communities. In the practical part of the workshop, we will explore automated model construction, submodel coupling, and possible uses of SBML in setting up heterogeneous cell models. In particular, we will discuss the usage of the SBML “comp” package to couple dynamic and stoichiometric models, and novel XML and SBML file formats for Resource Balance Analysis models.

Le programme du workshop et les résumés des exposés est téléchargeable ici.

Cette journée aura lieu sur le centre INRA de Jouy-en-Josas, dans le bâtiment 400 de la Documentation (ERIST).

L'inscription à cette journée est gratuite. Néanmoins, pour des raisons de logistique, merci de renseigner le formulaire ci-dessous.

Clôture des inscriptions: le 10/11/2017.

Contact: b2sriworkshop@gmail.com

Les organisateurs: Anne Goelzer, Wolfram Liebermeister et Vincent Fromion

 



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