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12 Septembre 2016

Indéfini
Heure et lieu: 
11h, salle de réunion, bâtiment 210
Nom intervenant: 
Ludovic Cottret
Titre: 
Analyse de la robustesse phénotypique d'une bactérie phytopathogène par intégration du réseau métabolique et du réseau de régulation
Résumé: 

Dans l'analyse du réseau métabolique, la robustesse d'un phénotype est communément définie comme la capacité du métabolisme à maintenir ce phénotype malgré des perturbations génétiques ou environnementales. Plusieurs éléments peuvent être à l'origine de la robustesse phénotypique : la versatilité, i.e. la capacité du système à fonctionner à partir de différents nutriments; la redondance fonctionnelle comprenant la redondance génétique et les voies métaboliques alternatives; et enfin le contrôle du système qui intervient pour capter et compenser efficacement les perturbations.

Nous nous sommes intéressés à l'analyse de la robustesse phénotypique chez une bactérie phytopathogène, Ralstonia solanacearum. Plus particulièrement, nous avons tenté de prédire l'influence du réseau de régulation de la virulence sur la robustesse phénotypique. Pour cela, nous avons d'abord effectué une reconstruction de haute qualité du réseau métabolique et du réseau de régulation de la virulence grâce à une suite d'outils automatiques et semi automatiques. Ensuite, nous avons développé une librairie Java, appelée FlexFlux, destinée à l'analyse de balance des flux (FBA). L'originalité de FlexFlux est d'intégrer de façon native le réseau de régulation et le réseau de métabolique dans chacune de ces fonctions. Nous verrons enfin comment nous avons utilisé FlexFlux pour mesurer la robustesse de plusieurs phénotypes (liés ou non à la virulence) et l'influence du réseau de régulation de la virulence sur celle-ci.

Année: 
2016
Organisme intervenant: 
INRA-CNRS, LIPM
Date du jour: 
Lundi, Septembre 12, 2016


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Seminaire | by Dr. Radut