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Lacroix Thomas

Coordonnées

  Email : thomas.lacroix@jouy.inra.fr
Adresse : INRA - Unité MaIAGE
                 Bâtiment 233
                 Domaine de Vilvert
                 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX
Tél : +33 (0)1 34 65 28 85
Secrétariat : +33 (0)1 34 65 28 86
 


Projets de recherche en cours:

- Insyght : http://genome.jouy.inra.fr/Insyght/


Projets de recherche passés:

- Cocitations : http://bibliome.jouy.inra.fr/cocitations/

- Portail IGO : http://migale.jouy.inra.fr/igo/

- CompaGB : http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/


Thématiques de recherche :

Bioinformatique, génomique comparée : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/StatInfOmics
 

Publications 1er auteur en bioinformatique :

- Lacroix T., Thérond S., [al.], Gibrat J.F. (2015) Synchronized navigation and comparative analyses across Ensembl complete bacterial genomes with INSYGHT. Bioinformatics ; pii:btv689

- Lacroix T., Loux V., [al.], Gibrat J.F. (2014) Insyght: navigating amongst abundant homologues, syntenies and gene functional annotations in bacteria, it's that symbol! Nucleic Acids Res ; 42(21)

- Lacroix T., Loux V., Gendrault A., Gibrat J.F., Chiapello H. (2011) CompaGB: An open framework for genome browsers comparison. BMC Res Notes ; 4:133.

 

Autres publications en bioinformatique et biologie :

- Ambroset C., et al. (2016) New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus ICE through Extensive Genome Exploration. Front. Microbiol.

- Siddiqui A., et al. (2008) Molecular responses of the Ts65Dn and Ts1Cje mouse models of Down syndrome to the NMDA receptor antagonist MK-801. Genes Brain Behav. ; 7(7): 810–820.

- Nguyen C., Thaicharoen S., Lacroix T., Gardiner K., and Cios K. (2007) A comprehensive Human Chromosome 21 Database. IEEE Engineering in Medicine and Biology, 26-2, 86-93.

 

Principales expériences professionnelles :

Novembre 2007 à aujourd'hui :Ingénieur bioinformaticien, unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE), INRA de Jouy en Josas ; tutelle de V. LOUX et Dr J-F. GIBRAT.

- Février 2005 à Octobre 2007 :Ingénieur bioinformaticien (50%) / biologiste moléculaire (50%), Université Colorado–Health Science Center, Denver, CO, USA ; tutelle Dr K. GARDINER.

Avril 2004 à Octobre 2004 :Stage bioinformatique, unité Bioinformatique et Protéines, Applied Biosystems / Celera Genomics, San Francisco, Californie, USA ; tutelle du Dr MI et Dr THOMAS.

Mars 2003 à Août 2003 :Stage biologiste moléculaire, unité Développement et Expression des Gènes, Roslin Institute, Edinburgh, Ecosse, UK ; tutelle du Dr THOMSON et du Dr McWHIR.

Eté 2001 et 2002 :Technicien de laboratoire, secteur Anatomie Pathologique (1 mois en 2001) et au secteur Hygiène Hospitalière (1 mois ½ en 2002), hôpital J.MINJOZ, Besançon.

Décembre 2000 à mars 2001 : Stage biologiste moléculaire, laboratoire de Biochimie-Biologie Moléculaire, UFR Sciences et Techniques, Besançon ; tutelle du Dr SCHLICK et du Dr Dulieu.

 

Compétences :

- Bioinformatiques :bases de données bioinfo (NCBI, EMBL, PDB, GO, HPRD, KEGG,...), Genome Browsers (Gbrowse, Ensembl, MuGeN, UCSC...), alignments de séquences (BLAST, ClustalW). Compétences de base: Galaxy,  profiles HMM (HMMer), visualisation moléculaire (Rasmol, SWISS-PDBViewer)), alignement structural (CE), analyse phylogénétique (PHYLIP).

- Développements informatiques :programmation orientée objet (Java, Perl, base de c++), applications web (Ajax, GWT, CSS, HTML5), language de balises (XML, HTML), SGBD (SQL).

- Administration informatique :machine virtuelle ubuntu 14.04 (postgresql, tomcat, etc...)

- Langues étrangères :Anglais (rédaction de manuscripts scientifiques, présentation orale)

- Divers :Videos tutoriels, tennis

 

Français


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