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Lacroix Thomas

Coordonnées

  Email : thomas.lacroix@inra.fr
Adresse : INRA - Unité MaIAGE
                 Bâtiment 233
                 Domaine de Vilvert
                 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX
Tél : +33 (0)1 34 65 28 85
Secrétariat : +33 (0)1 34 65 28 86
 


Projets de recherche en cours:

- Insyght : http://genome.jouy.inra.fr/Insyght/


Projets de recherche passés:

- Cocitations : http://bibliome.jouy.inra.fr/cocitations/

- Portail IGO : http://migale.jouy.inra.fr/igo/

- CompaGB : http://genome.jouy.inra.fr/CompaGB/


Thématiques de recherche :

Bioinformatique, génomique comparée : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/StatInfOmics
 

Publications 1er auteur en bioinformatique :

- Lacroix T., et al. (2017) Big data, La génomique comparative à l’ère des technologies NGS. Biofutur, 382:52-55

- Lacroix T., Thérond S., [al.], Gibrat J.F. (2015) Synchronized navigation and comparative analyses across Ensembl complete bacterial genomes with INSYGHT. Bioinformatics ; pii:btv689

- Lacroix T., Loux V., [al.], Gibrat J.F. (2014) Insyght: navigating amongst abundant homologues, syntenies and gene functional annotations in bacteria, it's that symbol! Nucleic Acids Res ; 42(21)

- Lacroix T., Loux V., Gendrault A., Gibrat J.F., Chiapello H. (2011) CompaGB: An open framework for genome browsers comparison. BMC Res Notes ; 4:133.

 

Autres publications en bioinformatique et biologie :

- Coluzzi C., et al. (2017) A glimpse into the world of integrative and mobilizable elements in streptococci reveals their unexpected diversity and novel families of mobilization proteins. Front Microbiol, 8:443.

- Ambroset C., et al. (2016) New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus ICE through Extensive Genome Exploration. Front. Microbiol.

- Siddiqui A., et al. (2008) Molecular responses of the Ts65Dn and Ts1Cje mouse models of Down syndrome to the NMDA receptor antagonist MK-801. Genes Brain Behav. ; 7(7): 810–820.

- Nguyen C., Thaicharoen S., Lacroix T., Gardiner K., and Cios K. (2007) A comprehensive Human Chromosome 21 Database. IEEE Engineering in Medicine and Biology, 26-2, 86-93.

 

Principales expériences professionnelles :

Novembre 2007 à aujourd'hui :Ingénieur bioinformaticien, unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE), INRA de Jouy en Josas ; tutelle de V. LOUX et Dr J-F. GIBRAT.

- Février 2005 à Octobre 2007 :Ingénieur bioinformaticien (50%) / biologiste moléculaire (50%), Université Colorado–Health Science Center, Denver, CO, USA ; tutelle Dr K. GARDINER.

Avril 2004 à Octobre 2004 :Stage bioinformatique, unité Bioinformatique et Protéines, Applied Biosystems / Celera Genomics, San Francisco, Californie, USA ; tutelle du Dr MI et Dr THOMAS.

Mars 2003 à Août 2003 :Stage biologiste moléculaire, unité Développement et Expression des Gènes, Roslin Institute, Edinburgh, Ecosse, UK ; tutelle du Dr THOMSON et du Dr McWHIR.

Eté 2001 et 2002 :Technicien de laboratoire, secteur Anatomie Pathologique (1 mois en 2001) et au secteur Hygiène Hospitalière (1 mois ½ en 2002), hôpital J.MINJOZ, Besançon.

Décembre 2000 à mars 2001 : Stage biologiste moléculaire, laboratoire de Biochimie-Biologie Moléculaire, UFR Sciences et Techniques, Besançon ; tutelle du Dr SCHLICK et du Dr Dulieu.

 

Compétences bioinformatiques / informatiques

- Développements : programmation (Java, Perl, c++, shell), applications web (Ajax, GWT, CSS, HTML5), language de balises (XML, HTML), SGBD (postgresql), gestion de versions (git, svn), gestion de projet (Redmine, FusionForge), parralelisation de process (qsub).

- Ressources bioinformatiques : bases de données bioinfo (Uniprot, NCBI, EMBL, PDB, GO,...), Genome Browsers (Gbrowse, Ensembl, Artemis, UCSC...), comparaison de séquences (BLAST, PLAST). Compétences de base Galaxy, profiles HMM (HMMer), alignements multiples (MUSCLE, ClustalW), visualisation moléculaire (Rasmol), analyse de puce à ADN ou protéines (suite TIGR TM4), analyse phylogénétique (PHYLIP).

- Administration : machine virtuelle, ubuntu 14.04, slipstream

- Divers : vidéos tutoriels

 

Autres compétences professionnelles

- Biotechnologie : microbiologie ; biologie moléculaire ; génie génétique ; biologie animale et végétale ; biochimie ; immunologie

- Mathématiques : statistiques appliquées à la biologie et la génétique (plan d’expérience, distribution de probabilité, T-Test, ANOVA), model de Markov caché, test de Fisher Exact (surreprésentation parmi groupe).

- Langues : anglais bilingue (rédaction de manuscrits scientifiques, présentations congrès)

- Management : stagiaires (2006, 2014, 2017), responsable développement informatique thèse (2018)

- Pratiques expérimentales (pre-2007) : biologie moléculaire (extraction/purification ADN et protéines, migration gels et colonnes, PCR, southern et western-blot, puce à  protéine en phase inverse), culture cellulaire (transformation/transfection et maintenance de lignées cellulaires procaryotes), biotechnologie (électrophorèse, chromatographie, spectrométrie masse), réactions enzymologiques et immunologiques (ELISA, coagulation…), analyses bactériologiques hospitalières (identification de souches pathogènes).

- Formations : Sauveteur Secouriste Travail (depuis 2017), guide serre file (depuis 2015), formation de formateur (2017)

 

Loisirs

- Sports : tennis, yoga, escalade, course à pied

 

Français


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