Jump to Navigation

Contrôle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis

Indéfini
Type: 
Stage
Durée: 
6 mois
Date de début: 
Jeudi, Février 15, 2018
Date limite de candidature: 
Jeudi, Février 15, 2018
Description: 

Sujet :

Qu’il s’agisse de faire évoluer un organisme entier ou un gène d’intérêt, l’évolution dirigée est l’un des outils clés de la biologie de synthèse. Les deux encadrants collaborent au développement de nouvelles approches d’évolution in vivo dans Bacillus subtilis (bactérie modèle et d’intérêt biotechnologique). L’un des paramètres centraux de ces approches est le taux de mutation spontanée qui génère la variabilité génétique sur laquelle la sélection s’exerce. Dans la nature, ce taux est généralement très faible de façon à garantir la stabilité de l’information génétique (10-10-10-9 mutations par site et par génération) mais, dans un contexte d’évolution dirigée, il est stratégique de pouvoir l’augmenter pour accélérer l’évolution et mieux explorer le paysage adaptatif.

L'objectif du stage est de construire un système inductible permettant d’augmenter / contrôler le taux de mutations spontanées chez B. subtilis. La première étape consistera à concevoir et réaliser des constructions génétiques susceptibles d’augmenter le taux de mutation de façon inductible par l’intermédiaire d’effets de dominance négative visant par exemple l’ADN polymerase (fidélité d’insertion et activité proofreading de l’ADN polymérase) ou le système MMR (Methyl-dependent Mismatch Repair). La deuxième étape consistera à évaluer par des tests de fluctuations les différentes constructions. La troisième étape consistera à tester et caractériser finement deux constructions génétiques prometteuses par une culture continue en mini-bioréacteurs (~1000 générations) suivie d’un séquençage de génome. Idéalement, cette démarche expérimentale sera complétée par une étude par simulation de l’impact du taux de mutation sur la vitesse d’évolution en bioréacteur.

Compétences :

Master ou élève ingénieur en biologie moléculaire, biotechnologie… Compétences : techniques de base de la microbiologie et de la biologie moléculaire (culture bactérienne, PCR, clonage), maîtrise de l’anglais scientifique (lecture d’articles) ; des connaissances en bioinformatique, mathématique et statistique, voire en modélisation et programmation seraient un plus.

Déroulement :

Le stage se déroulera dans les unités MICALIS (Microbiologie de l’alimentation au service de la santé) et MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement) du centre INRA de Jouy-en-Josas (Université Paris-Saclay); durée prévue d’environ 6 mois pendant le 1er semestre de l’année 2019. Gratification : ~550€/mois environ (taux légal). Le stage est financé par le projet ANR BioBrickEvolver (01/2019-12/2022).

Date de validité: 
Lundi, Février 18, 2019
Contact: 
pierre.nicolas@inra.fr
matthieu.jules@inra.fr


Main menu 2

Offre_d_emploi | by Dr. Radut