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Logiciels

Vous trouverez ci-dessous une sélection de nos principaux logiciels. L'ensemble des logiciels développés dans l'unité MaIAGE sont listés via le sous-menu "Tous nos logiciels".

Agmial :

Agmial est une chaîne d'annotation de génomes bactériens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils développés au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisé pour l'annotation ou la réannotation de plus d'une dizaine de génomes. Le logiciel est distribué sous licence GPL.

AlvisAE :

(Alvis Annotation Editor) est un éditeur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entités et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entités par les concepts d'une ontologie et de réviser l'ontologie en parallèle. Il est intégré à AlvisNLP. Ce travail a été partiellement financé par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de détails.

Alvis NLP/ML :

Alvis NLP/ML est une chaîne de traitement pour l'annotation sémantique de documents textuels, intégrant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entités nommées, l'analyse de termes, le typage sémantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondées sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaîne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a été partiellement financé par le projet européen Alvis et le projet Quaero. Voir Nédellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

CaliFloPP :

Calcul intégré du Flot de Particules entre Polygones.
CaliFloPP est un logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones. L'application type est le calcul des flux de pollen entre parcelles, à l'échelle d'une petite région agricole. A partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, le programme calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre. Il résoud ce problème d'intégration en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.

FILTREX :

Logiciel Matlab pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par filtrage particulaire.

planor :

Package R de génération de plans factoriels fractionnaires réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs.

R'MES : Recherche de Mots Exceptionnels dans les Séquences :

R'MES est un ensemble de programmes C++ dédié à la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une fréquence exceptionnelle dans une séquence donnée (ADN, protéine ou autre). Il est distribué librement sur Internet à partir de la plateforme de développement collaboratif mulcyber du département MIA et possède un guide de l'utilisateur et une aide en ligne. R'MES est aussi disponible sur le serveur Galaxy de la plateforme Migale.



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by Dr. Radut