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Participation à des Réseaux ou des Groupes de travail

GDR


• GdR AIEM :
Approche Interdisciplinaire de l'Evolution Moléculaire (depuis 2015)

Le GDR 3765 "Approche Interdisciplinaire de l'Evolution Moléculaire" (AIEM) se propose de répondre à des questions fondamentales en biologie évolutive en empruntant des méthodes à la physique statistique et aux mathématiques appliquées. Poussée par une avancée technologique en constante mutation, la production toujours croissante de données moléculaires haut-débit (puces à ADN, exomes, génomes entiers) nous engage à mettre au point de nouvelles méthodes pour analyser ces très grands jeux de données et à repenser le cadre théorique dans lequel nous interprétons nos observations. De plus, elle nous incite à entamer une réflexion ouverte sur les atouts et les limites de l'utilisation de données moléculaires.

Les systèmes vivants, constitués d'un très grand nombre de molécules en interaction, peuvent être approchés par l'étude de leurs génomes. Bien que l'évolution des molécules du vivant soit un sujet d'étude en soi, il est également possible de les utiliser comme des marqueurs de l'évolution des organismes, voire des espèces qui les portent. Le groupe AIEM englobe donc ces deux facettes de l'évolution moléculaire : les molécules comme objets d'étude et les molécules comme marqueurs de l'évolution des organismes, populations et espèces.

AIEM repose sur plus de 90 équipes réparties dans une cinquantaine d'unités de recherche et travaillant sur des organismes et des thématiques variées. Les savoir-faire des différentes équipes couvrent un très large éventail allant des approches expérimentales aux modèles physiques et mathématiques, en passant par la bio-informatique et les bio-statistiques. Par un dialogue renforcé entre les chercheurs construisant des modèles et ceux ayant l'expertise des données expérimentales, le groupe se veut moteur de la convergence entre le cadre théorique et les observations.


• GdR BiM :
GdR de BioInformatique Moléculaire (depuis 2006)
Thématique(s) : Bioinformatique

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Equipes SIO et BioSys

En savoir plus : http://www.gdr-bim.cnrs.fr

Le GdR BiM est un réseau scientifique pour la recherche en bioinformatique. Il regroupe environ 1200 scientifiques répartis sur toute la France et regroupés dans une centaine d'équipes.


• GdR 3064 :
GdR Géométrie aléatoire et géométrie compexe (2012-2017)
Thématique(s) : statistiques spatiales; géométrie stochastique

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Kiên Kiêu

En savoir plus : http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/gagc/

• GdR Stat et santé :
GdR Statistique et santé (depuis 2007)
Thématique(s) : Statistiques dans le domine médical

Membre(s) de l'unité concerné(s) : tous les statisticiens de l'unité

En savoir plus : http://gdr.statsante.fr

Le thème « Statistique et Santé » est un thème qui concerne de très nombreuses équipes de recherche en France, aussi bien des équipes de mathématiciens intéressés et motivés par les applications de la statistique dans le domaine biomédical, des unités INSERM de biostatistique, des unités de recherche clinique, des équipes de médecins, de biologistes, de pharmaciens… Ce GdR a pour objectif de fédérer cette communauté.


• GT MASIM :
Groupe de Travail Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires (Mise en place fin 2017)
Thématique(s) : Bioinformatique structurale

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Gwenaëlle André-Leroux

Le groupe de travail MASIM, créé à l’Automne 2017, est dédié à la bioinformatique structurale, et plus particulièrement consacré aux développements méthodologiques qui sous-tendent les méthodes bioinformatique en biologie structurale et vise à fédérer une communauté traditionnellement morcelée par la diversité des méthodes, granularité et types de molécules.

 

Porteurs F. Cazals (INRIA Sophia-Antipolis) et Y. Ponty (LIX, Ecole Polytechnique)


• GDR 2588 :
Microscopie Fonctionnelle du Vivant
Thématique(s) : Traitement et analyse d'images

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Alain Trubuil, Kiên Kiêu

En savoir plus : http://www.gdr2588.cnrs.fr

Réseau multidisciplinaire qui réunit des scientifiques biologistes, microscopistes, physiciens, informaticiens et mathématiciens.


• GDR-3545 RCPG-Physio-Med :
"Récepteurs couplés aux protéines G - de la physiologie au médicament" (2015-2018)
Thématique(s) : Modélisation moléculaire, docking, biologie cellulaire

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Jean-François Gibrat, Gwenaëlle André-Leroux

L'équipe Bis participe au Groupement de Recherche « Récepteurs couplés aux protéines G – de la physiologie au médicament » (RCPG-Physio-Med) piloté par R. Jokers. J-F Gibrat et G. André-Leroux participent activement au déchiffrage in silico des mécanismes moléculaires engagés dans la signalisation de l'olfaction par les récepteurs olfactifs (RO) qui sont des RCPG. De manière remarquable, certains RO sont surexprimés dans des tumeurs malignes variées. Particulièrement, le récepteur « Prostate Specific G protein-coupled Receptor » (PSGR) est surexprimé dans les cellules LNCaP du cancer de la prostate. G. Sanz, de l’Unité NBO de l'Inra de Jouy-en-Josas dirigée par E. Pajot, a démontré que la stimulation odorante du PSGR promeut in vitro les capacités invasives des cellules LNCaP et favorise in vivo l’émergence et la dissémination des métastases. Avec ces données expérimentales et en collaboration étroite avec l'équipe NOB, J-F Gibrat et G. André-Leroux caractérisent in silico les mécanismes moléculaires à l'origine de la reconnaissance des ligands odorants par le PSGR qui résulte par l'activation de ce dernier. Le but de ces études est d’identifier des antagonistes du PSGR. A terme, il est prévu d'étendre cette compréhension moléculaire du signal olfactif du PSGR aux RO en général et d'assurer la mise à jour du site web GPCR-Automodel.

Réseaux


• Représentations Sémantiques Multilingues :
Groupe de Travail DigiCosme, Représentations Sémantiques Multilingues (depuis 2014)
Thématique(s) : traitement automatique de la langue ; représentation des connaissances

Groupe de travail du LabEx DigiCosme de l'Idex Paris-Saclay.

Pour en savoir plus : site DigiCosme


• NETBIO :
Inférence de réseaux biologiques (depuis 2011)
Thématique(s) : réseau biologique;modèle complexe; inférence de structure

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Bibliome, SIO, BioSys

Réseau méthodologique MIA

Pour en savoir plus : site NETBIO


• IFB Groupe de Travail Galaxy :
Institut Français de Bioinformatique Groupe de Travail Galaxy
Thématique(s) : mise à disposition d'outils, reproductibilité des analyses

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Olivier Inizan

En savoir plus : https://www.france-bioinformatique.fr/fr/groupes-de-travail/galaxy

Le Groupe de Travail Galaxy IFB (IFB Galaxy Working Group) a pour objectif de fédérer la communauté française autour de l'environnement Galaxy dédié aux workflows et d'établir des passerelles entre les différents projets/infrastructures.

Le GT Galaxy anime les communautés autour de trois thèmes principaux :

1. Architecture et optimisation avec un abord des problématiques d’exploitation en environnement de production, les possibilités d'automatisation des tâches de déploiement et les solutions de monitoring d’instances de serveurs Galaxy

2. Développement et intégration des outils en proposant des outils et des processus facilitant l’interfaçage des outils dans une instance Galaxy.

3. Formation à destination des bio-informaticiens (séminaires, ateliers, etc.) et biologistes en portant des actions de formations et d'animation au niveau national


• Réseau In Ovive :
Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies (depuis 2011)
Thématique(s) : intelligence artificielle ; représentation des connaissance ; raisonnement ; extraction d'information

Membre(s) de l'unité concerné(s) : équipe Bibliome

Réseau méthodologique du département Inra MIA.

Pour en savoir plus : site In Ovive


• PEPI IDL :
PEPI Ingénierie du développement logiciel
Thématique(s) : développement logiciel

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Olivier Inizan

En savoir plus : https://idl.pepi.inra.fr/

Le PEPI IDL a pour mission d'organiser une animation et une expertise autour du développement d'application à l'Inra. Ce domaine est très vaste puisqu'il touche par  exemple à l'architecture logicielle, à la gestion du packaging et du déploiement, aux outils et pratiques collaboratifs, aux  langages, aux méthodes de développement, à la modélisation informatique, à l'informatisation des modèles scientifiques ... En résumé, il va de l'analyse des besoins à l'accompagnement au changement, en passant bien sûr par la conception.


• pole d'animation :
Pôle d'animation "Métagénomique, identification d'espèces, phylogénie" du PEPI IBIS (depuis 2012)
Thématique(s) : métagénomique

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Anne-Laure Abraham

Le pole d'animation est un réseau d'échange sur les méthodes d'analyses de données métagénomiques amplicon et shotgun. Nous faisons environ 4 réunions par an depuis 2012. 5 personnes de MaIAGE participent à ce réseau.


• SSB :
Statistics for Systems Biology (1997-2016)
Thématique(s) : statistiques et omiques

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Statisticiens de l'équipe SIO

En savoir plus : http://ssbgroup.fr

Ce groupe rassemble des statisticiens autour de questions relevant de la biologie moléculaire. Il structure les activités de recherche en bioinformatique du département "Mathématiques et Informatique Appliquées" de l'Inra en Ile de France.


• Stratege :
Statistique en Écologie et données Génomique (depuis 2016)
Thématique(s) : statistiques; omiques; écologie

Membre(s) de l'unité concerné(s) : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

En savoir plus : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/stratege

Le réseau a pour objectif de réunir des statisticiens (intéressés par l'écologie appliquée) et des écologues (intéressés par la modélisation statistique) qui fondent leurs recherches sur des données génomiques. Il cherche à favoriser les interactions entre ces deux communautés, à créer une culture scientifique commune et à partager les méthodes et cadres méthodologiques.



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by Dr. Radut