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BiPSim

La simulation de la cellule entière nécessite l'intégration de processus hétérogènes modélisés par différents formalismes, notamment stochastiques et/ou déterministes.

En collaboration avec l'équipe RAP de l'Inria, l'équipe BioSys de MaIAGE a développé BiPSIM, un simulateur stochastique flexible capable de décrire et de simuler une large variété de processus cellulaires. BiPSim permet aux utilisateurs de régler un compromis entre temps de simulation et niveaux de description des processus cellulaires. Enfin, BiPSim ne comporte aucun élément de description de la cellule qui soit codé en dur. Le simulateur peut donc être aisément adapté pour de nombreux types de cellules.

BiPSim est un logiciel open-source implémenté en C++, utilisable en ligne de commande sous Linux/Mac et distribué sous la licence GNU GPL. BiPSim est téléchargeable soit sur la forge SourceSup de Renater, soit sur GitHub.

Ce travail a été financé par le Lidex-IMSV de l'Université Paris-Saclay.



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