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Abraham Anne-Laure

 

Coordonnées

  Email : anne-laure.abraham@inra.fr
Adresse : INRA - Unité MaIAGE
                 Bâtiment 233
                 Domaine de Vilvert
                 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX
Tél : +33 (0)1 34 65 22 36
 

Sujet de recherche

Je m'intéresse  à l'analyse d'écosystèmes microbiens complexes à partir de données métagénomiques.

Parcours

Depuis le 1er février 2017 : ingénieur de recherche en bioinformatique à MaIAGE, dans l'équipe StatInfOmics

octobre 2011-janvier 2017 : ingénieur de recherche  en bioinformatique à Micalis, dans les équipes FME, Fine, IFE

octobre 2010 - septembre 2011 : Post-Doc à l'IBENS - Encadrement : Lionel Navarro

avril 2009 - aout 2010 : Post Doc à l'ENS-Lyon - Encadrement : Gaël Yvert

octobre 2005-mars 2009 : thèse en bioinformatique à l'Atelier de Bioinformatique de Paris 6 - Encadrement : Eduardo Rocha et Joël Pothier

 

Animation

  • Membre du bureau du PEPI IBIS depuis 2015

  • Co-Animation du pole "métagénomique" du PEPI IBIS depuis 2013

 

Encadrements

  • Yassin El Djoudi (juin 2019 - juillet 2019) : stage de L3 -  Licence sciences de la vie parcours bio-informatique Université de Poitiers -

    Etude des polymorphismes intraspécifiques des espèces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés
  • Daniel de Murat (mars 2018-juillet 2018) : stage de M1 - Master Bioinformatique de Paris 7 - Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques

  • Quentin Cavaillé (octobre 2017- mars 2019). CDD ingénieur web et bases de données pour les analyses métagénomiques des écosystèmes fromagers

  • Thibaut Guirimand (octobre 2015-2017). CDD ingénieur web et bases de données pour les analyses métagénomiques des écosystèmes fromagers

  • Charlie Pauvert (avril 2014 - août 2016) : stage de M1 puis apprentissage M2.1 et M2.2 du Master de Bioinformatique de Rouen :  Métagénomique des écosystèmes fromagers - Améliorations et exploration autour d’un outil bioinformatique

  • Amira Hamdi (février 2012 - juin 2012). stage de M2 - Master Bioinformatique d'Evry - Analyses d'écosystèmes fromagers

 

Formations

 

Publications

 

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2010

  • Nagarajan M, Veyrieras JB, de Dieuleveult M, Bottin H, Fehrmann S, Abraham AL, Croze S, Steinmetz LM, Gidrol X, Yvert G. Natural single-nucleosome epi-polymorphisms in yeast. PLoS Genet. 2010 Apr 22;6(4):e1000913. doi: 10.1371/journal.pgen.1000913. PubMed PMID: 20421933; PubMed Central PMCID: PMC2858693.

2009

2008

Indéfini


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