Jump to Navigation

Abraham Anne-Laure

 

Coordonnées

  Email : anne-laure.abraham@inra.fr
Adresse : INRA - Unité MaIAGE
                 Bâtiment 233
                 Domaine de Vilvert
                 78352 JOUY-EN-JOSAS CEDEX
Tél : +33 (0)1 34 65 22 36

Sujet de recherche

Je m'intéresse  à l'analyse d'écosystèmes microbiens complexes à partir de données métagénomiques (séquençage amplicon ou shotgun).

Présentation

Depuis le 1er février 2017 : ingénieur en bioinformatique à MaIAGE, dans l'équipe StatInfOmics

octobre 2011-janvier 2017 : ingénieur en bioinformatique à Micalis, dans les équipes FME, Fine, IFE

octobre 2010 - septembre 2011 : Post-Doc à l'IBENS - Encadrement : Lionel Navarro

avril 2009 - aout 2010 : Post Doc à l'ENS-Lyon - Encadrement : Gaël Yvert

octobre 2005-mars 2009 : thèse en bioinformatique à l'Atelier de Bioinformatique de Paris 6 - Encadrement : Eduardo Rocha et Joël Pothier

 

Animation

  • Membre du bureau du PEPI IBIS depuis 2015

  • Co-Animation du pole "métagénomique" du PEPI IBIS depuis 2013

 

Encadrements

  • Daniel de Murat (mars 2018-juillet 2018) : stage de M1 - Master Bioinformatique de Paris 7 - Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques

  • Quentin Cavaillé (octobre 2017- mars 2019). CDD ingénieur web et bases de données pour les analyses métagénomiques des écosystèmes fromagers

  • Thibaut Guirimand (octobre 2015-2017). CDD ingénieur web et bases de données pour les analyses métagénomiques des écosystèmes fromagers

  • Charlie Pauvert (avril 2014 - août 2016) : stage de M1 puis apprentissage M2.1 et M2.2 du Master de Bioinformatique de Rouen :  Métagénomique des écosystèmes fromagers - Améliorations et exploration autour d’un outil bioinformatique

  • Amira Hamdi (février 2012 - juin 2012). stage de M2 - Master Bioinformatique d'Evry - Analyses d'écosystèmes fromagers

 

Publications

 

2018

  • Couvigny B, Kulakauskas S, Pons N, Quinquis B, Abraham AL, Meylheuc T, Delorme C, Renault P, Briandet R, Lapaque N,  Nicolas, Guédon E. Identification of New Factors Modulating Adhesion Abilities of the Pioneer Commensal Bacterium Streptococcus salivarius. Frontiers in microbiology. 2018

2017

  • El Kafsi H, Loux V, Mariadassou M, Blin C, Chiapello H, Abraham AL, Maguin E, Van de Guchte M. Unprecedented large inverted repeats at the replication terminus of circular bacterial chromosomes suggest a novel mode of chromosome rescue. Sci Rep. 2017 Mar 10;7:44331. doi: 10.1038/srep44331. PubMed PMID: 28281695; PubMed Central PMCID: PMC5345009.
  • Patrascu O, Béguet-Crespel F, Marinelli L, Le Chatelier E, Abraham AL, Leclerc, M, Klopp C, Terrapon N, Henrissat B, Blottière HM, Doré J, Béra-Maillet C. A, fibrolytic potential in the human ileum mucosal microbiota revealed by functional metagenomic. Sci Rep. 2017 Jan 16;7:40248. doi: 10.1038/srep40248. PubMed PMID: 28091525; PubMed Central PMCID: PMC5238381.

2016

  • Dobrijevic D, Abraham AL, Jamet A, Maguin E, van de Guchte M. Functional Comparison of Bacteria from the Human Gut and Closely Related Non-Gut Bacteria Reveals the Importance of Conjugation and a Paucity of Motility and Chemotaxis Functions in the Gut Environment. PLoS One. 2016 Jul 14;11(7):e0159030. doi:10.1371/journal.pone.0159030. eCollection 2016. PubMed PMID: 27416027; PubMed Central PMCID: PMC4945068.
  • Alard J, Lehrter V, Rhimi M, Mangin I, Peucelle V, Abraham AL, Mariadassou M, Maguin E, Waligora-Dupriet AJ, Pot B, Wolowczuk I, Grangette C. Beneficial metabolic effects of selected probiotics on diet-induced obesity and insulin resistance in mice are associated with improvement of dysbiotic gut microbiota. Environ Microbiol. 2016 May;18(5):1484-97. doi: 10.1111/1462-2920.13181. Epub 2016 Jan 26. PubMed PMID: 26689997.

2015

  • Delorme C, Abraham AL, Renault P, Guédon E. Genomics of Streptococcus salivarius, a major human commensal. Infect Genet Evol. 2015 Jul;33:381-92. doi: 10.1016/j.meegid.2014.10.001. Epub 2014 Oct 13. Review. PubMed PMID: 25311532.

2014

  • Almeida M, Hébert A, Abraham AL, Rasmussen S, Monnet C, Pons N, Delbès C, Loux V, Batto JM, Leonard P, Kennedy S, Ehrlich SD, Pop M, Montel MC, Irlinger F, Renault P. Construction of a dairy microbial genome catalog opens new perspectives for the metagenomic analysis of dairy fermented products. BMC Genomics. 2014 Dec 13;15:1101. doi: 10.1186/1471-2164-15-1101. PubMed PMID: 25496341; PubMed Central PMCID: PMC4320590.
  • Velly H, Renault P, Abraham AL, Loux V, Delacroix-Buchet A, Fonseca F, Bouix M. Genome Sequence of the Lactic Acid Bacterium Lactococcus lactis subsp. lactis TOMSC161, Isolated from a Nonscalded Curd Pressed Cheese. Genome Announc. 2014 Nov 6;2(6). pii: e01121-14. doi: 10.1128/genomeA.01121-14. PubMed PMID: 25377704; PubMed Central PMCID: PMC4223455.
  • Cheeseman K, Ropars J, Renault P, Dupont J, Gouzy J, Branca A, Abraham AL, Ceppi M, Conseiller E, Debuchy R, Malagnac F, Goarin A, Silar P, Lacoste S, Sallet E, Bensimon A, Giraud T, Brygoo Y. Multiple recent horizontal transfers of a large genomic region in cheese making fungi. Nat Commun. 2014;5:2876. doi: 10.1038/ncomms3876. PubMed PMID: 24407037; PubMed Central PMCID: PMC3896755.

2013

  • Yu A, Lepère G, Jay F, Wang J, Bapaume L, Wang Y, Abraham AL, Penterman J, Fischer RL, Voinnet O, Navarro L. Dynamics and biological relevance of DNA demethylation in Arabidopsis antibacterial defense. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Feb 5;110(6):2389-94. doi: 10.1073/pnas.1211757110. Epub 2013 Jan 18. PubMed PMID: 23335630; PubMed Central PMCID: PMC3568381.

2012

  • Abraham AL, Nagarajan M, Veyrieras JB, Bottin H, Steinmetz LM, Yvert G. Genetic modifiers of chromatin acetylation antagonize the reprogramming of epi-polymorphisms. PLoS Genet. 2012 Sep;8(9):e1002958. doi: 10.1371/journal.pgen.1002958. Epub 2012 Sep 20. PubMed PMID: 23028365; PubMed Central PMCID: PMC3447955.

2010

  • Nagarajan M, Veyrieras JB, de Dieuleveult M, Bottin H, Fehrmann S, Abraham AL, Croze S, Steinmetz LM, Gidrol X, Yvert G. Natural single-nucleosome epi-polymorphisms in yeast. PLoS Genet. 2010 Apr 22;6(4):e1000913. doi: 10.1371/journal.pgen.1000913. PubMed PMID: 20421933; PubMed Central PMCID: PMC2858693.

2009

  • Abraham AL, Pothier J, Rocha EP. Alternative to homo-oligomerisation: the creation of local symmetry in proteins by internal amplification. J Mol Biol. 2009 Dec 4;394(3):522-34. doi: 10.1016/j.jmb.2009.09.031. Epub 2009 Sep 19. PubMed PMID: 19769988.
  • Treangen TJ, Abraham AL, Touchon M, Rocha EP. Genesis, effects and fates of repeats in prokaryotic genomes. FEMS Microbiol Rev. 2009 May;33(3):539-71. Review. PubMed PMID: 19396957.

2008

  • Abraham AL, Rocha EP, Pothier J. Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures. Bioinformatics. 2008 Jul 1;24(13):1536-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btn234. Epub 2008 May 16. PubMed PMID: 18487242; PubMed Central PMCID: PMC2718673.
Indéfini


Main menu 2

Page_perso | by Dr. Radut