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Anciennes Animations scientifiques


Evénements scientifiques organisés par l'unité et réseaux animés par l'unité


Les membres de l'unité MaIAGE sont régulièrement impliqués dans l'organisation de conférences/workshops/écoles-chercheurs et ont des responsabilités d'animation de différents réseaux ou communautés scientifiques. Nos activités passées en terme d'animation scientifique sont rassemblées ici :

Evènement(s) scientifique(s)


École - Chercheurs ASPEN :
Analyse de sensibilité, propagation d'incertitudes et exploration numérique de modèles en sciences de l'environnement. (4-9 mai 2014) Les Houches, France.
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Hervé Monod

Site web : http://aspen.forge.imag.fr/

Dans les sciences de l'environnement, mais également dans divers domaines de l'ingénierie, de nombreux codes de calcul dépendent d'un grand nombre de paramètres et de variables d'entrées. L'école ASPEN a pour objectif d'exposer les méthodes les plus récentes pour la propagation d'incertitudes, l'analyse de sensibilité et l'exploration numérique de ces codes et des modèles asssociés.


Module de formation INRA-FPN : RNASeq-2014 :
Analyses bio-informatiques & bio-statistiques de données RNAseq (25 au 28 novembre 2014) Jouy en Josas
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Julie Aubert, Sandra Derozier, Cyprien Guérin, Valentin Loux, Sophie Schbath

Les objectifs de cette action de formation sont de permettre aux participants de :

  • Se familiariser avec les concepts et outils de bio-informatique et de bio-statistique dédiés au traitement des données RNAseq.
  •  Savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bio-informatiques et bio- statistiques.
  • Maîtriser des environnements de mise en œuvre de ces outils (Galaxy, R-Studio). 

Module de formation INRA-FPN : RNASeq-2015 :
Analyses bioinformatiques & biostatistiques de données RNAseq sous Galaxy (1 au 4 décembre 2015) Jouy en Josas
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Julie Aubert, Sandra Derozier, Cyprien Guérin, Valentin Loux

Les objectifs de cette action de formation sont de permettre aux participants de :

  • Se familiariser avec les concepts et outils de bioinformatique et de biostatistique dédiés au traitement des données RNAseq.
  •  Savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques.
  • Maîtriser des environnements de mise en œuvre de ces outils (Galaxy). 

BioNLP-ST :
BioNLP Shared Task (2011-2016)

BioNLP Shared Task is a series of Shared Task in Information Extraction from text in Biology. We contribute to the general organisation and to the organization of specific tasks on gene regulation in bacteria (LLL, BI, GRN) and plant (GRNA) and bacteria habitats (Bacteria Biotope tasks). More details can be found at the dedicated web sites in 2011, 2013 and 2016 and in the papers of the ACL BioNLP workshop proceedings in 2011 (Portland, USA), 2013 (Sofia, Bulgaria) and 2016 (Berlin, Germany).


Galaxy4Bioinformatics :
Développement et intégration d’applications sous Galaxy (3 au 5 mars 2015) La Chapelle sur Erdre
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson

Site web : http://galaxy4bioinformatics.sb-roscoff.fr

L'objectif de cette école est de former des ingénieurs en bioinformatique à l'installation, la configuration du portail Galaxy ainsi qu'à la construction d'interfaces. La dernière journée sera consacrée à des aspects plus avancés comme l'automatisation des traitements et l'installation facilitée d'outils. 


EC Ecologie Microbienne :
École Chercheurs Écologie Microbienne (14-17 juin 2016) Pont-à-Mousson
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Béatrice Laroche, Mahendra Mariadassou

Les objectifs de l'École-Chercheurs sont de (1) s’approprier les concepts d’écologie et plus particulièrement d’écologie microbienne et les partager grâce à un vocabulaire commun, (2) d'optimiser l’exploitation des données massives hétérogènes et proposer des approches d’analyse génériques et enfin (3) stimuler l’émergence de nouveaux projets transdisciplinaires.


ECCB'14 :
European Conference on Computational Biology (6-10 septembre 2014) Strasbourg
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sophie Schbath

Site web : http://www.eccb14.org/home

C'est la 13ème édition de la conférence annuelle européenne de bioinformatique. 


GCC2017 :
Galaxy Community Conference (26-30 juin 2017) Montpellier
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Olivier Inizan

Site web : https://gcc2017.sciencesconf.org/

Galaxy Community Conferences are an opportunity to participate in presentations, discussions, demos, poster sessions, lightning talks and birds-of-a-feather gatherings, all about high-throughput biology and the tools that support it.  GCC2017 will include keynote talks and exhibitors, and plenty of networking opportunities. There are also three days of pre-conference activities, including hackathons and training. If you work in data-intensive biomedical research, there is no better place than GCC2017 to present your work and to learn from others.


Journées 2017 du GdR Mascot-Num :
Journées 2017 du GdR Mascot-Num (22 au 24 mars 2017) Paris, IHP et AgroParisTech
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Hervé Monod

RCAM'14 :
Recent Computational Advances in Metagenomics (7 septembre 2014) Strasbourg
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://www.eccb14.org/program/workshops/rcam

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.


RCAM'16 :
Recent Computational Advances in Metagenomics (4 septembre 2016) The hague, Netherlands
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/rcam2016

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.


RCAM'15 :
Recent Computational Advances in Metagenomics (6 octobre 2015) Paris, France
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/rcam2015

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.


RCAM'17 :
Recent Computational Advances in Metagenomics (9-10 octobre 2017) Paris
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/rcam2017

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.


SMPGD 2015 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data (12-13 février 2015) Munich
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : http://gagneurweb.genzentrum.lmu.de/smpgd15/#/smpgd2015

The Statistical Methods for Post Genomic Data workshop is an annual meeting dedicated to statistical methods for post genomic data analysis. The aim of the workshop is to present works from mathematical to applied Statistics, but also new areas in high throughput Biology that could need new statistical developments. The workshop is usually organized around 3 to 4 invited speakers, and 3 to 4 invited sessions, and one session of contributed abstracts (oral presentations and posters).


SMPGD 2014 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data. (24-25 janvier 2014) Université Pierre et Marie Curie, Paris.
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : http://smpgd2014.sciencesconf.org/smpgd

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein.


SMPGD 2016 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data. (11-12 février 2016) Lille
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : http://math.univ-lille1.fr/~celisse/SMPGD/

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein.


SMPGD 2018 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data. (11-12 janvier 2018) Londres
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : https://smpgd2018.sciencesconf.org

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein.


SMPGD 2017 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data. (12-13 janvier 2017) Londres
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : https://www.smpgd.fr

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein.


SMPGD'13 :
Statistical Methods for (post)-Genomics Data. (24-25 janvier 2013) Amsterdam.
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : http://www.smpgd2013.nl/smpgd

This workshop aims at gathering statisticians, bioinformaticians and biologists to discuss new statistical methodology for the analysis of genomics data and challenging, new types of genomics data requiring further development of such methodology.


StatMathAppli 2015 :
Statistic Mathematic and Applications (August 31 to September 5 2015) Fréjus
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie huet

Site web : https://colloque.inra.fr/statmathappli

Two short courses given by Ery Arias-Castro (San Diego) and Emmanuel Candes (Stanford University)


StatMathAppli 2017 :
Statistic Mathematic and Applications (4-8 septembre 2017) Fréjus
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie huet

Site web : https://colloque.inra.fr/statmathappli

L'objectif du séminaire est d'offrir une opportunité aux jeunes statisticiens de divers pays de se rencontrer et de présenter leurs travaux lors d'un meeting international. Son programme s'articule autour de deux cours dispensés par des chercheurs de renommée mondiale, présentant des méthodes de statistiques mathématiques ou plus généralement de mathématiques appliquées, en relation avec des applications.

En 2017 les conérenciers invités sont Franis Bach pour un cours intitulé "Large-scale machine learning and convex optimization" et Andréa Montanari pour un cours intitulé "Statistics with matrices, graphs, and tensors".


Workshop in​ ​ computational​ ​ modeling :
Workshop "Recent​ ​ progress​ ​ in​ ​ computational​ ​ modeling: cells​ ​ and​ ​ cell​ ​ communities" (13-15 novembre 2017) Jouy-en-Josas
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Anne Goelzer, Wolfram Liebermeister, Vincent fromion

This workshop on modeling cells and cell communities addresses technical challenges
characteristic of complex and modular cell models. The presentations will describe
whole-cell models encompassing metabolism, protein expression, and other cellular
subsystems, as well as multi-cell models describing tissues or microbial communities. In the
practical part of the workshop, we explored automated model construction, submodel
coupling, and possible uses of SBML in setting up heterogeneous cell models. In particular,
we discussed the usage of the SBML “comp” package to couple dynamic and
stoichiometric models, and novel XML and SBML file formats for Resource Balance Analysis
models.

Réseau(x) ou collectif(s) de recherche


D2K :
De la Donnée à la Connaissance (2015-2017)
Site web : https://digicosme.lri.fr/tiki-index.php?page=GT%20D2K

Groupe de travail du Labex DigiCosme

Réunion bimensuelle

Sur le thème de la "Résolution de questions complexes suivant un point de vue guidé par la tâche, combinaison de méthodes interdisciplinaires allant du traitement des données et de l’information à celui de la connaissance". Exemples de sujets traités :  "Modélisation et Processus", "Connaissances et Analyse d'images", "Connaissances et Raisonnement", "Analyse de contenus multimedia", "Compétitions en text-mining dans le domaine biomédical"

Contacts : Chantal Reynaud (LRI), Claire Nédellec (MaIAGE)


GdR BiM :
GdR BioInformatique Moléculaire (2006-2013)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sophie Schbath

Site web : http://www.gdr-bim.cnrs.fr

Le GdR BiM est un réseau scientifique pour la recherche en bioinformatique. Il regroupe environ 1200 scientifiques répartis sur toute la France et regroupés dans une centaine d'équipes. Il existe depuis 2006. 


REM :
Réseau "Réduction de Modèles"
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Béatrice Laroche

REM est un réseau du département MIA, coordonné par les unités MaIAGE et MISTEA. Il a pour objectif de partager et développer des techniques mathématiques et outils numériques permettant d'approcher un modèle complexe (déterministe ou stochastique) par un modèle plus simple produisant le même comportement ou un comportement simplifié, avec une erreur contrôlée. Le but est de faciliter (ou même rendre possible) l'extraction d'informations, l'estimation de paramètres à partir d'observations partielles, la sélection de modèles, le couplage, la simulation et l'analyse qualitative de modèles complexes dont l'organisation présente différentes échelles. Les modélisateurs participants sont impliqués dans des domaines applicatifs variés (physiologie et neuroendocrinologie humaine et animale, écologie microbienne, génie des procédés et biotechnologies, épidémiologie animale), l’objectif du réseau est aussi de favoriser les échanges entre les différents domaines d'application.


SSB :
Statistics for Systems Biology (1997-2017)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://ssbgroup.fr

Ce groupe rassemble des statisticiens autour de questions relevant de la biologie moléculaire. Il structure les activités de recherche en bioinformatique du département "Mathématiques et Informatique Appliquées" de l'Inra en Ile de France.



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by Dr. Radut