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Animations scientifiques


Evénements scientifiques organisés par l'unité et réseaux animés par l'unité


Les membres de l'unité MaIAGE sont régulièrement impliqués dans l'organisation de conférences/workshops/écoles-chercheurs et ont des responsabilités d'animation de différents réseaux ou communautés scientifiques. En voici un aperçu pour cette année :

Evènement(s) scientifique(s)


Module de formation INRA-FPN : RNASeq-2015 :
Analyses bioinformatiques & biostatistiques de données RNAseq sous Galaxy (1 au 4 décembre 2015) Jouy en Josas
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Julie Aubert, Sandra Derozier, Cyprien Guérin, Valentin Loux

Les objectifs de cette action de formation sont de permettre aux participants de :

  • Se familiariser avec les concepts et outils de bioinformatique et de biostatistique dédiés au traitement des données RNAseq.
  •  Savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble d’outils bioinformatiques et biostatistiques.
  • Maîtriser des environnements de mise en œuvre de ces outils (Galaxy). 

BioNLP-ST :
BioNLP Shared Task (2011-2016)

BioNLP Shared Task is a series of Shared Task in Information Extraction from text in Biology. We contribute to the general organisation and to the organization of specific tasks on gene regulation in bacteria (LLL, BI, GRN) and plant (GRNA) and bacteria habitats (Bacteria Biotope tasks). More details can be found at the dedicated web sites in 2011, 2013 and 2016 and in the papers of the ACL BioNLP workshop proceedings in 2011 (Portland, USA), 2013 (Sofia, Bulgaria) and 2016 (Berlin, Germany).


EC Ecologie Microbienne :
École Chercheurs Écologie Microbienne (14-17 juin 2016) Pont-à-Mousson
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Béatrice Laroche, Mahendra Mariadassou

Les objectifs de l'École-Chercheurs sont de (1) s’approprier les concepts d’écologie et plus particulièrement d’écologie microbienne et les partager grâce à un vocabulaire commun, (2) d'optimiser l’exploitation des données massives hétérogènes et proposer des approches d’analyse génériques et enfin (3) stimuler l’émergence de nouveaux projets transdisciplinaires.


RCAM'16 :
Recent Computational Advances in Metagenomics (4 septembre 2016) The hague, Netherlands
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

Site web : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/rcam2016

This workshop aims at promoting discussions and collaborations between biologists (modelers), computer scientists and applied-mathematicians involved in metagenomics and/or metatranscriptomics studies, either in the bioinformatics or statistical aspects of such analysis.


SMPGD 2016 :
Statistical Methods for Post-Genomic Data. (11-12 février 2016) Lille
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie Huet

Site web : http://math.univ-lille1.fr/~celisse/SMPGD/

This workshop aims at gathering statisticians, computer scientists, and biologists to discuss new statistical methodologies for the analysis of high throughput biological data and the challenge arising herein.


StatMathAppli 2015 :
Statistic Mathematic and Applications (August 31 to September 5 2015) Fréjus
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sylvie huet

Site web : https://colloque.inra.fr/statmathappli

Two short courses given by Ery Arias-Castro (San Diego) and Emmanuel Candes (Stanford University)

Réseau(x) ou collectif(s) de recherche


Applibugs :
Club de rencontre d'utilisateurs concernés par les applications bayésiennes utilisant le Gibbs sampling
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Arnaud Bensadoun, Olivier David

Site web : http://genome.jouy.inra.fr/applibugs/applibugs.welcome.html

Structure d'échanges et d'informations sur les connaissances, les techniques et les applications de ces méthodes dans tous les secteurs de la statistique. Ce club vise tout particulièrement le monde de la statistique appliquée et celui des outils logiciels développés autour de la plateforme winbugs (mais sans exclusive). Un bureau de sept personnes organise environ deux réunions publiques d'une journée par an, en région parisienne.


D2K :
De la Donnée à la Connaissance (2015-2017)
Site web : https://digicosme.lri.fr/tiki-index.php?page=GT%20D2K

Groupe de travail du Labex DigiCosme

Réunion bimensuelle

Sur le thème de la "Résolution de questions complexes suivant un point de vue guidé par la tâche, combinaison de méthodes interdisciplinaires allant du traitement des données et de l’information à celui de la connaissance". Exemples de sujets traités :  "Modélisation et Processus", "Connaissances et Analyse d'images", "Connaissances et Raisonnement", "Analyse de contenus multimedia", "Compétitions en text-mining dans le domaine biomédical"

Contacts : Chantal Reynaud (LRI), Claire Nédellec (MaIAGE)


GdR BiM :
GdR BioInformatique Moléculaire (depuis 2006)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sophie Schbath

Site web : http://www.gdr-bim.cnrs.fr

Le GdR BiM est un réseau scientifique pour la recherche en bioinformatique. Il regroupe environ 1200 scientifiques répartis sur toute la France et regroupés dans une centaine d'équipes. Il existe depuis 2006. 


Mascot Num :
Groupement de recherche sur les méthodes d'exploration de codes numériques
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Jean-Pierre Gauchi, Hervé Monod

Site web : http://www.gdr-mascotnum.fr/doku.php

Groupement de recherche (GDR) regroupant des chercheurs universitaires, des organismes de recherche, et des industriels. L'objectif principal est de coordonner les efforts de recherche sur les méthodes de planification, modélisation et analyse d'expérimentations numériques.


ModStatSAP :
Modélisation et statistique en santé des animaux et des plantes (Depuis 2010)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : E. Vergu

Site web : http://ciam.inra.fr/reseau-modstatsap/

L’objectif principal du réseau est de fédérer les modélisateurs et statisticiens des départements SPE, SA et MIA, d’autres départements de l'INRA (notamment EA et EFPA) et d'autres structures de recherche, afin d’accroître la portée des recherches en modélisation, mathématiques et statistique appliquées à l’étude des systèmes plantes / bioagresseurs et hôtes / pathogènes. Le réseau doit permettre d'accélérer la percolation des idées, des approches, des méthodes et des résultats dans le cercle des modélisateurs et statisticiens, dans un cercle élargi au sein duquel figurent les épidémiologistes, les dynamiciens et les généticiens des populations, entre santé animale et santé des plantes.


PEPI IBIS :
Réseau de Partage d'Expériences et de Pratiques Informatiques "Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit" (IBIS) (depuis 2011)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Valentin Loux, Sandra Derozier

Site web : https://wiki.inra.fr/wiki/pepibioinfostats/Main/

Le PEPI bioinformatique et statistique pour les données haut-débit s’adresse aux personnes en charge du traitement et des analyses informatiques et statistiques des très gros volumes de données produits par les technologies à haut-débit (séquençage, métagénomique, trancriptomique, protéomique, métabolomique, ...). Il s'agit d'échanger sur des outils, des méthodes et plus généralement des pratiques issus des disciplines bioinformatiques et statistiques, pour mieux faire face aux nouveaux défis posés par ces nouvelles approches.


REM :
Réseau "Réduction de Modèles"
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Béatrice Laroche, Marie-Luce taupin

REM est un réseau du département MIA, coordonné par les unités MaIAGE et MISTEA. Il a pour objectif de partager et développer des techniques mathématiques et outils numériques permettant d'approcher un modèle complexe (déterministe ou stochastique) par un modèle plus simple produisant le même comportement ou un comportement simplifié, avec une erreur contrôlée. Le but est de faciliter (ou même rendre possible) l'extraction d'informations, l'estimation de paramètres à partir d'observations partielles, la sélection de modèles, le couplage, la simulation et l'analyse qualitative de modèles complexes dont l'organisation présente différentes échelles. Les modélisateurs participants sont impliqués dans des domaines applicatifs variés (physiologie et neuroendocrinologie humaine et animale, écologie microbienne, génie des procédés et biotechnologies, épidémiologie animale), l’objectif du réseau est aussi de favoriser les échanges entre les différents domaines d'application.


Mexico :
Réseau sur les Méthodes pour l'EXploration Informatique des modèles COmplexes
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Hervé Monod, Jean-Pierre Gauchi, Juhui Wang

Site web : http://www.reseau-mexico.fr

Ce réseau regroupe des scientifiques de divers organismes tels que l'INRA, le CEMAGREF (LISC), l'IFREMER (EMH), l'Université de Toulouse (IRIT), l'université du Littoral (LIL), etc. Ses objectifs sont d'identifier, développer et diffuser des méthodes d'analyse de sensibilité, d'analyse d'incertitude, ou plus généralement d'exploration numérique des modèles utilisés dans les domaines agronomique, halieutique, écologique et environnemental.


SFBI :
Société Française de BioInformatique (depuis 2010)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Sophie Schbath

Site web : http://www.sfbi.fr

La SFBI a été créée en 2005 pour promouvoir la recherche pluri- et inter-disciplinaire en Bioinformatique, à l'interface entre la Biologie moléculaire, l'Informatique, les Mathématiques et la Physique. La SFBI a vocation à rassembler les chercheurs, enseignants et ingénieurs francophones qui travaillent sur des questions relevant de la bioinformatique, pour des rencontres et des échanges scientifiques. Elle participe et assure la pérénité de l'organisation de JOBIM, conférence nationale annuelle de bioinformatique qui réunit de 300 à 500 personnes.


SSB :
Statistics for Systems Biology (depuis 1997)
Membre(s) de l'unité concerné(s) par l'animation : Mahendra Mariadassou

Site web : http://ssbgroup.fr

Ce groupe rassemble des statisticiens autour de questions relevant de la biologie moléculaire. Il structure les activités de recherche en bioinformatique du département "Mathématiques et Informatique Appliquées" de l'Inra en Ile de France.



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by Dr. Radut