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Stage de Master 2 en développement informatique

Indéfini
Type: 
Stage
Durée: 
6 mois
Date de début: 
Vendredi, Mars 1, 2019
Date limite de candidature: 
Lundi, Décembre 31, 2018
Description: 

 

Contexte

L’unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement (MaIAGE)1 est située sur le site INRA2 de Jouy-en-Josas. Cette unité de recherche regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes qui développent des méthodes pour répondre à des questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude de l'individu, de populations ou d'écosystèmes. MaIAGE héberge la plateforme bioinformatique Migale3, qui met à disposition un ensemble de ressources dédiées à la communauté scientifique. Cette proposition de stage s’inscrit dans l’un des quatre services proposés par Migale, le service de conception et développement d'applications variées telles que des outils, des interfaces web conviviales et des bases de données. Elle concerne tout particulièrement de nouvelles applications innovantes d’intégration et de gestion de données par des ontologies.

 

Missions

L’unité MaIAGE développe une application appelée Florilège4,9. Elle vise à collecter, à rassembler et à mettre publiquement à disposition les informations sur les biotopes et phénotypes microbiens d’intérêt alimentaire produites par fouille automatique de texte5,6,7,8 (text-mining) à partir de sources bibliographiques. Afin de faciliter l’accès et l’exploitation des données, le stagiaire aura pour mission :

 

  • d'enrichir l'interface web afin de permettre aux utilisateurs d'effectuer des requêtes multiples,

  • de mettre en place une API afin de permettre l'interconnexion avec de nouveaux outils.

 

Pré-requis

  • Java

  • PostgreSQL

  • conception d’Application Programming Interface REST

 

Contacts

 

Références

1 Unité MaIAGE, http://maiage.jouy.inra.fr

2 INRA, http://www.inra.fr/

3 Plateforme bioinformatique Migale, http://migale.jouy.inra.fr

4 Application Florilège, http://migale.jouy.inra.fr/Florilege/

5 http://openminted.eu/infographic-text-and-data-mining-for-better-microbiology/

6 http://openminted.eu/what-microorganisms-live-in-my-cheese/

7 http://dataia.eu/sites/default/files/DATAIA_JST_International_Symposium/DATAIA-JST_SYMPOSIUM_Claire_Nedellec.pdf

8 Estelle Chaix, Louise Deléger, Robert Bossy, Claire Nédellec "Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food" Food Microbiology, 2018. https://doi.org/10.1016/j.fm.2018.04.011

9 Hélène Falentin, Estelle Chaix, Sandra Derozier, Magalie Weber, Solange Buchin, Bedis Dridi, Stéphanie-Marie Deutsch, Florence Valence, Serge Casaregola, Pierre Renault, Marie-Christine Champommier-Verges, Anne Thierry, Monique Zagorec, Francoise Irlinger, Céline Delbes, Sophie Aubin, Valentin Loux, Robert Bossy, Delphine Sicard, Claire Nédellec. Florilège : a database gathering microbial phenotypes of food interest. Proceedings of the 4th International Microbial Diversity Conference, résumé pp. 322-323, ed. Marco Gobetti. Pub. Simtra. ISBN 978-88-943010-0-7, Bari, octobre 2017.

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01651302

 

 

Date de validité: 
Mardi, Janvier 1, 2019
Contact: 
Sandra DEROZIER, sandra.derozier@inra.fr
Valentin Loux, valentin.loux@inra.fr


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