Jump to Navigation

Hommage à Philippe Bessières

 

C'est avec une profonde tristesse que nous vous faisons part du décès soudain de Philippe Bessières survenu le 18 août 2017 à l'âge de 62 ans.

Après un doctorat d'enzymologie en 1982 (Univ. Paris Sud), Philippe est recruté comme Maître de Conférences de la chaire de Biochimie de l'INA-PG (1982-1985). Il démissionne pour partir un an à Chicago dans la Division de Biologie de l'Argonne National Laboratory du Department of Energy (DOE) pour travailler sur les méthodes d'analyse automatique de l'électrophorèse bidimensionnelle des protéines appliquées au marquage génétique des plantes. De retour en France, il collabore avec les mathématiciens de l'unité de Biométrie de l'INRA de Jouy-en-Josas afin de concevoir une plateforme d'analyse d'images d'électrophorèses en une dimension pour le marquage génétique (1986-1988). Philippe passe ensuite un an comme chercheur invité au Département de Biologie Moléculaire de l'Université d'Aarhus au Danemark, à créer un environnement bioinformatique partagé en réseau. Puis il est recruté en 1990 comme Ingénieur de Recherche au laboratoire de Génétique Microbienne de l'INRA de Jouy-en-Josas pour mettre en place la bioinformatique du projet de séquençage du génome de Bacillus subtilis. Il joue alors un rôle clé dans le développement de ressources bioinformatiques dédiées à la génomique microbienne en France et à l'étranger et s'implique dans plusieurs projets européens pionniers dans ce domaine. En 2000, il crée avec F. Rodolphe, J.-F. Gibrat et S. Schbath la première unité de bioinformatique de l'Inra, l'unité Mathématique, Informatique & Génome (MIG) et devient DR2 en 2004. Dans MIG puis MaIAGE, il s'implique dans la mise en place de nouvelles approches et ressources bioinformatiques dédiées à l'analyse et l'interprétation des données génomiques microbiennes et anime l'équipe "Génome et Evolution" de 2012 à 2014.

Ces quinze dernières années, ses activités de recherche suivaient deux principaux axes : l'annotation des génomes et transcriptomes bactériens et la fouille de texte en microbiologie. Si ces deux axes pointent des approches méthodologiques très différentes, Philippe les considérait comme complémentaires dans la mesure où ses contributions s'inscrivaient dans la perspective globale de développement de nouvelles approches bioinformatiques visant à enrichir les connaissances sur les microorganismes. Ses contributions majeures concernent la caractérisation structurale et fonctionnelle de nouveaux gènes, notamment chez la bactérie modèle Bacillus subtilis, mais aussi une meilleure compréhension de leurs origines, régulations transcriptionnelles et modalités d'interactions. Il a aussi conduit des travaux précurseurs sur la représentation formelle des données omiques et le développement de ressources bioinformatiques visant à faciliter l'intégration et l'accès à ces données ainsi qu'aux connaissances associées dans la littérature scientifique. Plus récemment, il s'intéressait aux évènements évolutifs à l'origine de la diversité et de l'adaptation des microorganismes.

Philippe était une personnalité atypique, alliant détermination, discrétion, humour et gentillesse. Il était curieux et lisait en permanence des articles, lui donnant une grande culture scientifique, mais aussi une ouverture d'esprit remarquable et beaucoup d'imagination. Ses collègues se souviendront de son enthousiasme et des nombreuses discussions scientifiques qu'ils ont pu avoir avec lui et qui ont souvent débouché sur une idée, un stage, un projet. Philippe a aussi eu un rôle pionner dans le développement de collaborations entre mathématiciens, informaticiens et microbiologistes, jouant souvent un rôle d'initiateur et d'interprète entre disciplines. Son rôle a été majeur dans la réussite de l'unité MIG et le développement de liens forts entre les départements MIA et MICA de l'Inra. Bioinformaticien avant l'heure, ses compétences et qualités scientifiques étaient largement reconnues dans la communauté bioinformatique à l'Inra et bien au-delà.

Nos pensées vont à sa famille et ses proches.

Ses collègues de l'unité MaIAGE.

 

Commentaires

C'est avec beaucoup d'émotion et une profonde tristesse que nous avons appris la disparition soudaine le 18 août dernier de Philippe BESSIERES, DR2, affecté à l'unité MaIAGE de Jouy-en-Josas, dirigée par Sophie Schbath.Au-delà de ses compétences et qualités scientifiques largement reconnues, Philippe a joué un rôle déterminant dans le développement de la biologie computationnelle au sein de l'INRA et du département MICA.De formation initiale en enzymologie et biochimie, Philippe a été recruté à l'INRA en 1990 au sein de l'ex-unité de Génétique Microbienne (GM) en tant qu'ingénieur de recherche. Passionné par la bioinformatique et convaincu de la nécessité de créer une unité de recherche pour développer cette discipline, il a contribué à la création de l'unité MIG en 2000 (devenue MaIAGE en 2015). Il a également été à l'origine de la création de plusieurs start-up. De 2013 à 2016, Philippe a rejoint le bureau scientifique du département MICA pour animer la biologie computationnelle, sous la direction d'Emmanuelle Maguin.Du fait de sa curiosité, de son ouverture d’esprit et de son imagination qui lui faisaient brasser les idées et créer des liens, Philippe a fait beaucoup au fil des ans pour le rapprochement des microbiologistes et des bioinformaticiens. Ses qualités humaines l’ont aussi conduit à soutenir et conseiller certains agents qui traversaient des moments d’interrogation. Ce sont toutes ses contributions et la profonde gentillesse de Philippe que nous garderons en mémoire. Sylvie et Emmanuelle

Philippe "Le grand" (surtout pour moi !) laisse le souvenir d’un collègue inventif, passionné et très sympathique. Nos discussions tardives et enthousiastes au début de l’aventure du décryptage des génomes ainsi que celles qui ont suivi au cours de ces 27 ans resteront gravées dans ma mémoire. Je suis de tout cœur avec vous.Pascale

La disparition de Philippe est un grand choc pour moi. Sa passion, sa gentillesse et sa disponibilité étaient immense et rare, à la mesure de sa grande carcasse. Un des fondateurs du labo s'en vas en emmenant avec lui sa vision interdisciplinaire et ouverte, c'est triste. Mes pensées et sincères condoléances vont à sa famille, c'est un moment douloureux pour tous.Thomas

Les mots me manquent pour vous exprimer ma tristesse. Philippe va nous manquer à tous.Sophie

Philippe était un personnage. Je me me souviens de ses innombrables chroniques sur le monde microbiologique, qu'il prenait soin de vulgariser aux béotiens, de ses inépuisables conseils de lecture, des nombreux traits d'humour et anecdotes dont il gratifiait son entourage. L'annonce de sa disparition est un choc.
Mes pensées vont à sa famille et à ses amis.

Philippe, a été toujours sympatique et a chaque fois que je retoune a l´INRA que je considere ma maison mére ( Casa Mater), il était toujours trés chaleureux et me recevais  avec un bisous d ´amitié. Merci pour ces 27 ans de amitié et colleguisme.

Depuis mon arrivée à l'INRA en 1990 en génétique microbienne, Philippe m'a énormément aidée pour tous les aspects bio-info concernant les structures trimendisionnelles des protéines qu'il m'a décryptée à moi qui n'y connaissait pas grand chose en bio-info. Toujours à l'écoute et disponible (!!!). Tu nous manques déjà je suis abasourdie de ton départ furtif puisses-tu reposer en paix.... Partir subitement est tellement insupportable. Toutes mes pensées amicales et chaleureuses vont à toi et tous ceux qui t'aiment, famille, amis et tous ceux que tu as chéris. RIP. 

Les bons moments du "bureau MICA" avec Philippe me resteront toujours en mémoire. Son calme, sa gentillesse, son détachement un peu ironique, alliés à une connaissance encyclopédique de la biologie computationnelle.

Le département MIA partage l'émotion et la peine que provoque la disparition soudaine de Philippe. Nous n'oublierons pas ses qualités scientifiques, son ouverture d'esprit et le rôle déterminant et pionnier qu'il a joué dans les collaborations entre MICA et MIA, que ce soit au sein de MIG, de MaIAGE, du département MICA ou du métaprogramme MEM. Il va nous manquer.Hervé 

Avec le départ de Philippe, c'est un des piliers fondateurs des plus originaux de l'unité MaIAGE qui nous quitte.Heureusement, les commentaires déjà postés de ses collaborateurs et collègues montrent que grâce à ses nombreuses qualités humaines, sa trace continuera à travers eux.Toutes mes pensées attristées pour ses proches.

Comme tous ceux qui l’ont côtoyé, j’ai été très attristé par le départ prématuré de Philippe. Nous perdons avec lui un collègue et ami précieux.
Il incarnait pour moi l’exemple du scientifique curieux, ouvert et créatif. Son parcours professionnel en témoigne admirablement.
Avec Philippe, c’est « toute une époque » qui s’évanouit. Lorsque j’étais encore à Jouy, nous étions presque voisins dans le 13e arrondissement et je covoiturais régulièrement avec lui. Je me souviens de longues conversations sur de multiples sujets. Tout y passait : science, musique, littérature, architecture… mais parfois famille et souvenirs d’enfance aussi (il m'avait fait un cours très technique sur la pêche à l'écrevisse !). Il avait une curiosité et une culture immenses. J’ai quitté Jouy depuis plus 15 ans, maintenant, mais je le retrouvais toujours avec un immense plaisir à l’occasion de séminaires, congrès ou réunions. Et j’attendais avec impatience les moments « off » où nous pouvions reprendre des discussions tout azimut à table ou autour d’un verre. Quel que soit le sujet et le contexte, scientifique ou autre, il ne se départait jamais d’un sens de l’humour et d’un certain détachement bien à lui. Il avait de la hauteur, dans tous les sens du terme !
Philippe va laisser un vide. Il va nous manquer.

Je suis très triste et très émue de ta disparition Philippe.Nous avons écrit plusieurs projets et en avons réalisé quelques uns mais il reste beaucoup à faire.Je me souviens de toi débarquant à la pause café de MIG (puis MAIAGE) lors des formations que je suivais ou que je donnais. L'air un peu hagard et l'esprit pré occupé par un nouveau projet ou une nouvelle idée que tu venais de lire. Pour toi les collections microbiennes étaient une source inépuisable de projets scientifiques. Tu voulais toujours comprendre à fond mais dans l'idée d'exploiter ces connaissances au service de l'Homme. Décortiquer pour mieux partager. Aussi, tu n'hésitais pas à tisser des liens interdisciplinaires, à l'écoute des problématiques de chaque domaine et en rassemblant les meilleures technologies sans frontière de discipline. Tu étais ouvert à toutes les sciences et profondément disponible pour les autres. Je garderai ancré en moi cette façon de monter les projets et j'espère réussir à la transmettre. Ta gentillesse nous manquera. Mais promis, nous entretiendrons la bonne humeur à toutes les pauses café de Maiage même si nous serons pris d'un pincement au coeur en passant devant ton bureau. Bien amicalement.

Passeur infatigable, Philippe a été l'un des piliers, discret mais toujours efficace, de l'activité des microbiologistes qu'il a profondément fait évoluer. Les mots me manquent pour dire tout ce que je lui dois. Son inépuisable curiosité et sa gentillesse nous manqueront. Mes pensées vont à ceux qu'il laisse derrière lui.

Il y a les gens qui changent le monde. C'est toi Philippe. Tu pourrais faire encore beaucoup de choses. Tu vas nous manquer. Toutes mes pensées et condoléances aux proches. C'est un Grand amis qui nous a quitté. Tu vas rester toujours dans nos coeurs.

Reposez en paix Mr Philippe BESSIERES.

Philippe, ta disparition est un triste événement à plusieurs titres. En plus du scientifique débordant d'enthousiasme et fourmillant d'idées, c'est le collègue doté d'une grande curiosité, d'une profonde gentillesse et d'un solide sens de l'humour que je regrette. Tu étais prompt à faire des associations et à dégainer des anecdotes insolites donnant lieu à des discussions originales, comme par exemple lors de cette pause café où des téléphones portables ont été suivis d'un historique de la bioinformatique, ou de ce dîner en Allemagne (pour monter un projet, une seconde nature chez toi) où un currywurst a déclenché (je cherche toujours comment) une discussion, étonnamment intéressante, sur les mérites de différents types de choux. À titre plus personnel, c'est à toi que je dois mes premières collaborations avec des microbiologistes et mes premiers stagiaires, je t'en suis reconnaissant. Le bruit de tes espadrilles dans le couloir et l'odeur de ta cigarette électronique me manqueront. Toutes mes pensées vont à ta famille et à tes proches.

Je n'ai connu Philippe qu'assez récemment lors de ma reconversion vers la bio-informatique. Il m'a reçu à Jouy pour un entretien et nous avons gardé de très bons contacts depuis. Ta gentillesse et ton écoute me manqueront.

Je me souviendrai de Philippe comme un chercheur passionné et passionnant (arriver à rendre Bacillus subtilis sexy n'est pas donné à tout le monde). Je conserve toujours un excellent souvenir de ces 4 années passées.

Philippe avait 18 ans lorsque nous nous sommes connus à la fac d’Orsay. Pendant quelques années nous étions inséparables, on faisait tout ensemble, révisions de partiels, vacances à la montagne, manif contre la loi Debré, colocs, et discussions sur à peu près tout.Je me souviens que chaque semaine il achetait Charlie Hebdo et me le refilait le jour même après l’avoir lu.Pendant une dizaine d’années jusqu’à la naissance de son fils Nicolas que j’ai connue bébé nous nous sommes régulièrement fréquentés…suivie d’une trentaine d’années de relations épisodiques et de grands plaisirs néanmoins à se retrouver de temps à autre.Je n’oublierai jamais l’extrême gentillesse et l’humour bienveillant de Philippe. Je n’imaginais pas ne plus le revoir, ne plus jamais me dresser sur la pointe des pieds pour l’embrasser.J’adresse toute ma sympathie à Cécile (la maman de Nicolas), à Cécile (la sœur de Philippe), à Nicolas, à Vanessa, à tous ceux que Philippe a aimés et à qui il va manquerPhilippe BLANCHARD

Esprit pionnier sur de nouveaux développements de l’informatique en biologie, je pense que Philippe a apporté beaucoup à l’INRA. Pour son recrutement comme ingénieur de recherche au département de Microbiologie, Ehrlich me communiqua son CV, je notais sa formation de biochimiste et un séjour postdoctoral dans l’un des meilleurs laboratoires à l’étranger sur l’analyse des séquences de protéines par ordinateurs. Formation inhabituelle en France à cette époque. Par la suite il rejoignit la nouvelle unité de bioinformatique créée après mon départ à la retraite par Jean-François Gibrat et François Rodolphe. J’ai pu le suivre ensuite dans certains de ses projets plutôt inattendus pour moi comme l’analyse automatique par ordinateur des textes de publications scientifiques. Je l’ai souvent poussé à se présenter à un poste de chercheur ce qui lui convenait beaucoup mieux malgré le sacrifice financier encouru. Frappé en pleine activité il va manquer à son unité et à l’INRA en général.

Philippe, je suis bouleversé par ta disparition. Je t'ai connu lorsque j'étais stagiaire, dans l'enthousiasme et l'effervescence suivant la création de MIG. Après ce stage et un petit contrat au labo, tu m'as proposé  un CDD sur un projet européen. De ces premières expériences professionnelles, je retiendrais ton mélange de passion teintée de nonchalance, mais surtout ta bienveillance et ta confiance. Avec les années nous avons un peu moins travaillé sur des projets communs, mais toujours résonnait régulièrement dans le couloir ce bruit de pas trainant jusqu'à mon bureau, annonciateur de conversation impromptues. Tu conservais cette formidable capacité à faire le lien entre les disciplines, les compétences et les gens qui les portaient.Tu vas nous manquer ! Mes pensées accompagnent ta famille et tes proches

Pour moi, Philippe était un des moteurs de la création de MIG. Même si, à cause de mon manque de culture, je ne comprenais pas toutes ses propositions, elles étaient appuyées sur une riche expérience, acquise dans des environnements variés, et il les expliquait avec patience et enthousiasme. J'appréciais sa modestie - c'était à moi de comprendre que ses idées étaient bonnes – et la distance qu'il prenait avec ce qu'il faisait et disait. Je suis triste et désemparée de sa disparition et je pense à ses proches, collègues et amis qui doivent faire face à son absence soudaine. Toute mon affection à tous, Élisabeth

Je n'ai pas eu l'occasion d'avoir avec Philippe des liens très personnels, mais je retiens de lui sa gentillesse et sa disponibilité. Mes pensées vont à tous ses proches en ces moments douloureux. 

Avec ta disparition Philippe nous sommes tous un peu orphelins. Tu étais une figure importante et pour ne pas dire historique de la bioinformatique sur Jouy-en-Josas. Tu as été le premier à me pousser et à m’encourager vers cette voie il y a 17 ans. Il y a encore peu, J’ai eu l’honneur de t’avoir dans mon jury de HDR et de profiter à l’occasion de tes mots chaleureux, bienveillants et sincères qui comptaient beaucoup pour moi. J'adresse toute ma sympathie à sa famille et à ses proches.

C'est une belle rencontre qui a commencé pour moi l'été 91, un peu perdue avec une maîtrise de biologie, il m'a accueillie avec sa grande taille et ses grands bras, ouvert la porte de son univers et m'a tout appris de la bionfo...et tout s'est enchaîné pour moi grâce à lui. J'ai donc tout naturellement fait ma thèse avec lui (1ère thèse  en bioinfo qu'il a encadrée). On a partagé tous ces bouleversements de la bioinfo mais surtout il était visionnaire, avait déjà cette sensibilité qu'il fallait ouvrir les horizons, travailler avec différentes disciplines, stats, imagerie, analyses textuelles….J'ai partagé son quotidien de 91 à 99 et il avait ce qu'il y a de plus beau dans la recherche, une grande générosité, soif de connaissances, partage, ouverture, pas de barrières…. Ensuite durant mes visites à MIG/MaIages, je continuais à discuter avec lui, on s'appelait régulièrement, et il était toujours enthousiaste sur ses projets… ses projets et ses idées qu’il avait par centaines...Et dans la vie, il aimait partager des moments de discussion, rire, se moquer gentiment… Merci encore pour tous ces moments.Je pense à sa famille, ses proches et tous ses collègues.Véronique

C'est avec une grande tristesse que nous avons appris le décès soudain de Philippe. Notre première rencontre avec Philippe remonte à notre thèse vers la fin des années 1980. Même si nous n'avons jamais travaillé directement ensemble, nos centres d'intérêts scientifiques nous ont amené à nous rencontrer régulièrement au cours de toutes ces années aussi bien dans des conférences, des groupes de travail et des jurys. Nous garderons de Philippe le souvenir d'un collègue curieux et ouvert d'esprit, avec qui c'était toujours un plaisir de discuter sciences bien sur, mais pas seulement. Ils nous a toujours soutenu avec enthousiasme sur les projets que nous menions même si ceux ci n'étaient pas toujours dans l'air du temps. Nous nous souviendrons de toutes nos discussions où la gentillesse et l'humour étaient toujours présents.Nos pensées vont à ces proches dans ces moments très douloureux.Gwennaele et Yves

Philippe m'a fais découvrir il y a 27 ans la bioinfo, il a été l'un des premiers à faire le pont avec les microbiologistes pour leur expliquer tout ce que l'on pouvait faire ensemble pour faire avancer la recherche. D'une tres grande patience il aimait partage ses connaissances et j'aavis toujours l'impression de comprendre même les choses les plus complexes. Depuis nous avions toujours des discussions autour de subtilis. Il avait toujours une série de pochette avec de la biblio, des notes , des questions... Son enthousiasme, sa curiosité et sa grande culture générale vont me manquer. J'appréciai nos discussions sur tous les sujets possible et quelque soit l'heure l'arrivée de sa grande silhouette dans le labo était le signe que je ne verrai pas le temps passer. Je garde aussi en mémoire plein de bons moments de détente.  Je pense à tous ses proches.Etienne

<p>Philippe j&#39;ai fait ta connaissance à mon arrivée à Jouy. Tu as fait partie des personnes qui nous ont permis de nous lancer dans la génomique sans appréhension. J&#39;aimais ta façon de lancer des idées pour qu&#39;elles mûrissent et que d&#39;autres s&#39;en emparent et les fassent vivre. J&#39;aimais ton humour, nos discussions qui partaient un peu dans tous les sens mais même en zigzagant c&#39;était toujours constructif et intéressant. Depuis mon départ on se voyait moins souvent mais il y avait toujours des séminaires ou autres réunions où nous retrouvions nos habituelles divagations. Toutes mes pensées à sa famille et&nbsp; à ses proches et à ses collègues secoués par une disparition si brusque, les anciens de MIG comme les nouveaux de Maiage. Tu laisses un grand trou qui témoigne de tout ce que tu nous a apporté.</p><p>&nbsp;</p>

<p>Philippe est quelqu&rsquo;un qu&rsquo;on n&rsquo;oublie pas. Nous sommes un certain nombre sur Jouy à l&rsquo;avoir connu, lui et sa grande silhouette, dans les jeunes années du laboratoire de Génétique Microbienne. C&rsquo;est mon cas&nbsp;; avec son groupe, il m&rsquo;y a initiée à la génomique et visionnaire avait bien compris l&rsquo;intérêt des cartes génomiques. Bien plus largement, il avait promu l&rsquo;usage de la (bio)informatique sur le Centre de Jouy n&rsquo;hésitant pas à donner de sa personne en amphi devant un parterre de biologistes. Je partage la tristesse de cette disparition brutale et j&rsquo;adresse mes sincères pensées à sa famille et à ses proches. Anne-Marie</p>

<p>Je suis resté sans voix à l&#39;annonce de la nouvelle le 19 août par l&#39;intermédiaire de Sophie Schbath. Pour moi Philippe était un roc. Un de ces collègues dont on imaginait qu&#39;il serait toujours là, défiant les années et les modes de la bioinformatique. Du temps des premiers génomes bactériens, à la fin des années 90, nous avions publié ensemble quelques papiers. Un autre souvenir : JOBIM 2001 à Toulouse où j&#39;ai du te remplacer au pied levé comme chairman de la session bases de données. Philippe, je pense à ta famille en ces moments si durs. Je garderai de toi le souvenir de tous ces bons moments à discuter de science ou d&#39;autres choses.</p><p>Je n&#39;aime pas parler de toi au passé.</p>



Main menu 2

Page | by Dr. Radut