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Grants


ACToP
- ANR blanche - anr-2015-aap-generique  Challenge : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE  Position : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2018)
Title : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach

Participants : P. Nicolas, C. Guérin -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)

Coordinator : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)

API-SMAL
- LABEX BASC (2017-2020)
Title : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes (API-SMAL)

Participants : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod -
Team(s): Dynenvie
Coordinator : V.Martinet (INRA, Economie Publique)

CADENCE
- ANR AAP Générique  Challenge : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique" (01/2017-09/2021)
Title : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France

Participants : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau

Coordinator : E. Vergu

Cecotype
- GISA - AMI2017 (2018-2019)
Title : CecoType: Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates responsible for skeletal disorders in fast growing broilers.

Participants : V. Loux, A.-L. Abraham -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : INRA Micalis, INRA MaIAGE, INRA ISP, INRA URA

Coordinator : P. Serror

Dallish
- ANR - Appel Générique  Challenge : Société de l'information et de la communication  Position : Données, Connaissances , Données massives (2016-2019)
Title : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell

Participants : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche -
Team(s): Dynenvie / BioSys
Partners : INRIA-SERPICO, Institut Curie, MaIAGE

Coordinator : C. Kervrann (INRIA Rennes)

E-NOVFOOD
- MEtaprogram MEM (2018-2019)
Title : Linking a phenotypic and a network food microbe data bases: an application for food microbial ecology and food innovation.

Participants : Robert Bossy, Louise Deléger, Sandra Dérozier, Valentin Loux, Claire Nédellec -
Team(s): Bibliome / Migale
Partners : SPO, MaIAGE, GQE, ONIRIS, BIA, URTAL, MICALIS, LRF, GMPA, Univ. Naples

Coordinator : H. Falentin (STLO, Inra Rennes)

FlavoPatho
- ANR blanche - AAPG 2017 - JCJC  Challenge : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique" (2018-2022)
Title : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.

Participants : C. Guérin, P. Nicolas -
Team(s): StatInfOmics
Partners : INRA VIM

Coordinator : T. Rochat (INRA VIM)

Florilege
- MEM - Action ciblée MEM (2016-2018)
Title : Florilege

Participants : S. Derozier, V. Loux, C. Nedellec, R. Bossy, L. Deleger, E. Chaix, J-B. Bohuon -
Team(s): Bibliome / Migale
Partners : STLO, MICALIS, URF

Coordinator : H. Falentin

FoodMicrobiome Transfert
- AO CNIEL (01/2015-03/2019)
Title : Food-Microbiomes Transfert

Participants : A-L Abraham, S. Derozier, V. Loux, T. Guirimand, Q. Cavaillé -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : CNIEL, Micalis

Coordinator : P. Renault (MICALIS)

France Génomique
- ANR - Investissement d'avenir (2013-2019)
Title : France Génomique

Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France

Coordinator : P. Le Ber

GFLS
- IFB - Appel à projet IFB 2015 (2016-2019)
Title : Galaxy For Life Science

Participants : Olivier Inizan Valentin Marcon -
Team(s): Migale
Partners : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI

Coordinator : Olivier Inizan

GutMicrobiotaSpodo
- Action ciblée MEM - Action ciblée MEM (2017-2019)
Title : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua

Participants : V. Loux, O. Rué -
Team(s): Migale
Partners : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), INRA MAIAGE (Platform MIGALE), CNRS IRBI

Coordinator : S. Gaudriault

HydroGen
- ANR blanche (2014-2018)
Title : Comparative Metagenomic for Exploring Biodiversity. Application to Ocean Stream Studies

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Team(s): StatInfOmics
Partners : IRISA (Rennes), UMR 518 AgroParisTech-INRA (Paris), Genoscope (Evry)

Coordinator : D. Lavenier

ICycle
- ANR - AAP générique  Challenge : Défi 7: Société de l'information et de la communication.  Position : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-01/2020)
Title : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes

Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): BioSys
Partners : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)

Coordinator : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)

IRONMANOMICS
- MEM 2018 (2018-2020)
Title : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron

Participants : S Labarthe, B Laroche, V Loux -
Team(s): Dynenvie / Migale
Partners : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich

Coordinator : MC Champomier-Verges

ITEMAIZE
- LABEX BASC - AAP projets phare (2016-2019)
Title : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution

Participants : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin -
Team(s): Bibliome / Dynenvie
Partners : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS

Coordinator : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)

ITN ProteinFactory
- ITN (2015-2018)
Title : ITN ProteinFactory

Participants : V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): BioSys
Coordinator : Jan Maarten Van Dijls

List_MAPS
- H2020 - ITN (10/2015-12-2019)
Title : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis

Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath -
Team(s): StatInfOmics / BioSys
Partners : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...

Coordinator : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)

MetaFoldScan
- MEM - MEM 2016 (2016-2018)
Title : MetaFoldScan aims at developing a user-friendly interface -experimentally validated- to scan metagenomes and identify fold hits associated to a target protein structurally characterized and with an identified activity.

Participants : V. Martin, S. Derozier, V. Loux, JM. Chatel, Nalini Rama Rao -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Micalis

Coordinator : G. André-Leroux

Meta PDO cheeses
- France-Génomique - Appel à Grands Projets FRance-Génomique (2017-2021)
Title : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels

Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL

Coordinator : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)

MicrobNO
- Métaprogramme MEM - action ciblée (2017-2018)
Title : Impact of the host nitrogen response following bacterial infection on the microbiota

Participants : P. Nicolas, V. Loux, C. Guérin -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : Micalis UMR1319, MaIAGE UMR1404, ISP UMR1282, MIC U454

Coordinator : Nalini Rama-Rao (INRA MICALIS)

MICROCOSM
- MEM - Action spécifique (2016-2018)
Title : Multi-site exploration of microbiome in cows in relation to genetic susceptibility to mastitis

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Team(s): StatInfOmics
Partners : IHAP (Toulouse), BDR (jour), ISP, BAGI (Jouy), Herbivores, DEP, STLO (Rennes)

Coordinator : Sereine Even

ModChoCycle
- MEM 2016 (2016-2018)
Title : Modeling the cholesterol cycle with the interplay between the host and gut microbiota

Participants : S.Labarthe, B.Laroche -
Team(s): Dynenvie
Partners : Micalis/INRA (Jouy-en-Josas)

Coordinator : M.Rhimi (INRA, Jouy-en-Josas)

MoMIR-PPC
- ANR blanche - H 2020 EJP MedVet (2018-2020)
Title : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials

Participants : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu -
Team(s): Dynenvie
Partners : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES

Coordinator : P. Velge (ISP, Tours)

OpenMinTeD
- H2020 - E-INFRA H2020 (06/2015-05/2018)
Title : Open Mining INfrastructure for TExt and Data

Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger -
Team(s): Bibliome
Partners : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers

Coordinator : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)

PREDIGE
- Métaprogramme SELGEN - Appel à projet et manifestation d’intérêt 2017 (2018-2019)
Title : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement

Participants : E. Kuhn, M. Delattre -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand

Coordinator : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)

ProteoCardis
- ANR - A PPEL A PROJETS GENERIQUE 2015  Challenge : Vie Santé Bien-être (2015-2019)
Title : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE

Participants : V. Monnet (INRA, Jouy), C. Carapito (CNRS, Strasbourg), J.M. Batto (INRA, Jouy), K. Clement (ICAN, Paris), S. Huet -
Team(s): StatInfOmics
Partners : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris), MaIAGE (Jouy)

Coordinator : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)

Proteore
- AAP IFB 2015 - Appel à Projets IFB (11/2016-11/2018)
Title : Provide the life science community with a collaborative research online services that would enable end-users to further explore their proteomics data by sharing workflows and experiments. To this goal, we propose to design and to deploy on the web ProteoRE (Proteomics Research Environment), a workflow for downstream analysis of proteomics data and for protein list interpretation .

Participants : S. Dérozier, O.Rué, V. Loux, Lien Nguyen -
Team(s): Migale
Partners : CEA Edyp

Coordinator : Y. Vandenbrouck

REDLOSSES
- ANR - AAPG2016  Challenge : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020)
Title : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques

Participants : V. Loux, O. Rué -
Team(s): Migale
Partners : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA

Coordinator : Monique Zagorec

REMOVE
- APE MICA 2018 (2018-2020)
Title : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci

Participants : B Laroche, S Labarthe -
Team(s): Dynenvie
Partners : MICALIS, MaIAGE

Coordinator : L Rigottier

SANT'Innov
- PSDR GO - PSDR4 (11/2015-11/2019)
Title : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale

Participants : E. Vergu -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; INRA UR 1404 MaIAGE; huit autres partenaires

Coordinator : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)

SystOmics
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2018)
Title : Systems approaches to study microbial consortia: Integrating meta-omics data to elucidate the functioning of lignocellulolytic microbial consortia.

Participants : M. Mariadassou, S. Plancade -
Team(s): StatInfOmics
Partners : LISBP, BPS (Toulouse), MaIAGE (Jouy-en-Josas)

Coordinator : G. Hernandez-Raquet

TANGO
- appel à projet CNIEL (2018-2020)
Title : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.

Participants : S. Labarthe, B. Laroche -
Team(s): Dynenvie
Partners : STLO

Coordinator : H. Falentin (STLO, Rennes)

UGeBio
- INRA - AgriBio 4 (2015-2018)
Title : Utilisation et gestion de la biodiversité cultivée en agriculture biologique

Participants : O. David -
Team(s): Dynenvie
Coordinator : Isabelle Goldringer (INRA, UMR de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, 91 190 Gif sur Yvette)


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by Dr. Radut