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Grants


ABIM
- ANR - JCJC (01/2017-09/2021)
Title : Approximations and Behavior of stochastic Individual-based Models

Participants : E. Vergu -
Team(s): Dynenvie
Partners : Ecole Polytechnique (CMAP, CPHT); Univ. Lille; IRMES

Coordinator : V. Bansaye (CMAP, Ecole Polytechnique)

ACToP
- ANR blanche - anr-2015-aap-generique  Challenge : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE  Position : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2019)
Title : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach

Participants : P. Nicolas, C. Guérin -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)

Coordinator : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)

API-SMAL
- LABEX BASC (2017-2020)
Title : Agroecology and policy instruments for sustainable multifunctional agricultural landscapes (API-SMAL)

Participants : S.Labarthe, K.Admaczyk, H. Monod -
Team(s): Dynenvie
Coordinator : V.Martinet (INRA, Economie Publique)

Articulate
- France-Berkeley Fund (2019-2020)
Title : Experimental and mathematical models articulation: a bifocal lens to study the ecology of the colonic microbiota

Participants : C.Tiffany (UC Davis), B.Laroche (MaIAGE), L.Darrigade(MaIAGE) -
Team(s): Dynenvie
Partners : UC Davis (Davis, USA)

Coordinator : A.Bäumler (UC Davis) and S.Labarthe (MaIAGE)

BioBrickEvolver
- ANR blanche - AAPG2018 - PRC  Challenge : Vie, Santé et Bien-étre  Position : CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système. (01/2019-12/2022)
Title : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.

Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): StatInfOmics / Dynenvie
Partners : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Eq. C. Berthomieu), TWB (O. Galy)))

Coordinator : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)

CADENCE
- ANR AAP Générique  Challenge : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique" (01/2017-12/2021)
Title : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France

Participants : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau

Coordinator : E. Vergu

Cecotype
- GISA - AMI2017 (2018-2019)
Title : CecoType: Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates responsible for skeletal disorders in fast growing broilers.

Participants : V. Loux, A.-L. Abraham -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : INRA Micalis, INRA MaIAGE, INRA ISP, INRA URA

Coordinator : P. Serror

CoNoCo
- ANR blanche - ANR AAPG2018  Challenge : Vie, Santé et Bien-étre  Position : CES – Génétique, génomique, ARN (04/2019-03/2023)
Title : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus.

Participants : C. Guérin, P. Nicolas -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Micalis UMR1319 (E. Bidnenko); IBPC, CNRS UMR8261, Paris. (C. Condon & S. Durand); IBMC, CNRS UPR9002, Université de Strasbourg (P. Romby), CBM UPR 4301, CNRS, Orléans. (M. Boudvillain); INRA MaIAGE

Coordinator : E. Bidnenko (INRA MICALIS)

D2KAB
- ANR blanche - AAPG 2018  Challenge : B.7  Position : axe 4 (06/2019-05-2023)
Title : Data to Knowledge in Agriculture and Biodiversity

Participants : UM-LIRMM, CNRS-I3S, INRA-DIST, INRA-URGI, INRA-IATE, INRA-MaIAGE, INRA-URFM ,IRSTEA-TSCF, CNRS-CEFE, ACTA, STANFORD-BMIR -
Team(s): Bibliome
Coordinator : C. Jonquet (LIRMM, Montpellier)

Dallish
- ANR - Appel Générique  Challenge : Société de l'information et de la communication  Position : Données, Connaissances , Données massives (2016-2019)
Title : Data Assimilation and Lattice Light Sheet Imaging for endocytosis/exocytosis pathway modeling in the whole cell

Participants : A. Trubuil, S. Laparthe, B. Laroche -
Team(s): Dynenvie / BioSys
Partners : INRIA-SERPICO, Institut Curie, MaIAGE

Coordinator : C. Kervrann (INRIA Rennes)

ECONET
- ANR blanche - ANR blanche  Challenge : Sober management of resources and adaptation to climatic changes: towards an under- standing of global changes  Position : Fundamental knowledge on natural environments and biodiversity (2018-2022)
Title : Advanced statistical modelling of ecological networks

Participants : M. Mariadassou -
Team(s): StatInfOmics
Partners : LPSM (UPMC), MIA-Paris (INRA), LBBE (Univ. Lyon), ISEM (Univ. Montpellier), IEES (MNHN), EEP (Univ. Lille)

Coordinator : C. Matias (CNRS - UPMC, LPSM)

FlavoPatho
- ANR blanche - AAPG 2017 - JCJC  Challenge : Défi : 5 - "Sécurité alimentaire et défi démographique" (2018-2022)
Title : Investigation of salmonid fish infection by Flavobacterium psychrophilum: from genes to the ecology of the disease.

Participants : C. Guérin, P. Nicolas -
Team(s): StatInfOmics
Partners : INRA VIM

Coordinator : T. Rochat (INRA VIM)

France Génomique
- ANR - Investissement d'avenir (2013-2019)
Title : France Génomique

Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France

Coordinator : P. Le Ber

GFLS
- IFB - Appel à projet IFB 2015 (2016-2019)
Title : Galaxy For Life Science

Participants : Olivier Inizan Valentin Marcon -
Team(s): Migale
Partners : URGI, CATI Bios4Biol, Cirad, IRD, GABI

Coordinator : Olivier Inizan

GutMicrobiotaSpodo
- Action ciblée MEM - Action ciblée MEM (2017-2019)
Title : Description of the Gut Microbiota of a Lepidoptera pest, Spodoptera exigua

Participants : V. Loux, O. Rué -
Team(s): Migale
Partners : INRA DGIMI (team BIBINE), INRA DGIMI (team DIDI), INRA MICALIS (team GME), INRA MICALIS (team B2L/DivY), INRA MAIAGE (Platform MIGALE), CNRS IRBI

Coordinator : S. Gaudriault

ICycle
- ANR - AAP générique  Challenge : Défi 7: Société de l'information et de la communication.  Position : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-01/2020)
Title : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes

Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): BioSys
Partners : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)

Coordinator : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)

IRONMANOMICS
- MEM 2018 (2018-2020)
Title : Exploring omics data for evaluating microbial interactions for iron

Participants : S Labarthe, B Laroche, V Loux -
Team(s): Dynenvie / Migale
Partners : MICALIS, MGP, MaIAGE, UMRF (Aurillac), ETH Zurich

Coordinator : MC Champomier-Verges

ITEMAIZE
- LABEX BASC - AAP projets phare (2016-2019)
Title : Integrative Approaches to Investigate Maize Floral Transition Network and its Evolution

Participants : E. Chaix, S. Huet, E. Kuhn (resp. MaIAGE), B. Laroche, C. Nédellec, O. David, S. Plancade, M.L. Taupin -
Team(s): Bibliome / Dynenvie
Partners : INRA GQE Le Moulon, IJPB, LEGS

Coordinator : C. DIllmann (INRA, GQE Le Moulon)

List_MAPS
- H2020 - ITN (10/2015-12-2019)
Title : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis

Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath -
Team(s): StatInfOmics / BioSys
Partners : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...

Coordinator : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)

Meta PDO cheeses
- France-Génomique - Appel à Grands Projets FRance-Génomique (2017-2021)
Title : Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels

Participants : A.-L. Abraham, V. Loux, M. Mariadassou, O. Rué -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : INRA GMPA, INRA URF, INRA MICALIS, Genoscope, RMT Fromages de Terroir, CNAOL , CNIEL

Coordinator : F. Irlinger (INRA, Grignon) ; C. Delbès (INRA, Aurillac)

Mfd Profiling
- TWB - TWB 2019 (2019-2021)
Title : Mfd profiling

Participants : Gwenaëlle andré-Leroux, Nalini Rama Rao, Seav-Ly Tran, KhanhChi Nguyen, IR et IE à recruter -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Micalis

Coordinator : Gwenaëlle andré-Leroux (INRA, MaIAGE) et Nalini Rama Rao (INRA, Micalis)

MoMIR-PPC
- H2020 - EJP MedVet (2018-2020)
Title : Monitoring the gut microbiota and immune response to predict, prevent and control zoonoses in humans and livestock in order to minimize the use of antimicrobials

Participants : C. Bidot, S. Labarthe, B. Laroche, E. Vergu -
Team(s): Dynenvie
Partners : 41 partenaires européens dont ISP (INRA Tours), ANSES

Coordinator : P. Velge (ISP, Tours)

OpenMinTeD
- H2020 - E-INFRA H2020 (06/2015-05/2018)
Title : Open Mining INfrastructure for TExt and Data

Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger -
Team(s): Bibliome
Partners : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers

Coordinator : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)

PREDIGE
- Métaprogramme SELGEN - Appel à projet et manifestation d’intérêt 2017 (2018-2019)
Title : Prédiction des Interactions Génotype x Environnement

Participants : E. Kuhn, M. Delattre -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand

Coordinator : R. Rincent (INRA Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand)

ProteoCardis
- ANR - A PPEL A PROJETS GENERIQUE 2015  Challenge : Vie Santé Bien-être (2015-2019)
Title : FONCTIONALITES DU MICROBIOTE INTESTINAL ET MALADIE CARDIOMETABOLIQUE: APPROCHE PROTEOMIQUE

Participants : V. Monnet (INRA, Jouy), C. Carapito (CNRS, Strasbourg), J.M. Batto (INRA, Jouy), K. Clement (ICAN, Paris), S. Huet -
Team(s): StatInfOmics
Partners : MICALIS-PAPPSO (Jouy-en-Josas), LSBMO (Strasbourg), MetaGenoPolis-IBS (Jouy-en-Josas), ICAN (Paris), MaIAGE (Jouy)

Coordinator : C. Juste (INRA, Jouy-en-Josas), C. Carapito (CNRS, Strasbourg)

REDLOSSES
- ANR - AAPG2016  Challenge : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020)
Title : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques

Participants : V. Loux, O. Rué -
Team(s): Migale
Partners : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA

Coordinator : Monique Zagorec

REMOVE
- APE MICA 2018 (2018-2020)
Title : Improving the colonization REsistance of the gut MicrobiOta against Vancomycin-resistant Enterococci

Participants : B Laroche, S Labarthe -
Team(s): Dynenvie
Partners : MICALIS, MaIAGE

Coordinator : L Rigottier

TANGO
- appel à projet CNIEL (2018-2020)
Title : Impact du procédé technologique sur l’expression des potentiels bactériens en fermentation laitière : exemple du fromage.

Participants : S. Labarthe, B. Laroche -
Team(s): Dynenvie
Partners : STLO

Coordinator : H. Falentin (STLO, Rennes)


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by Dr. Radut