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Grants


ACToP
- ANR blanche - anr-2015-aap-generique  Challenge : DEFI 1 – G ESTION SOBRE DES RESSOURCES ET ADAPTATION AU CHANGEMENT CLIMATIQUE  Position : Axe 1 : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (2015-2018)
Title : Adaptation of a bacterial multispecies biofilm community to perturbations: a pluridisciplinary approach

Participants : P. Nicolas, C. Guérin -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Laboratoire Jean Perrin (CNRS UMR 8237), Institut MICALIS (INRA UMR1319)

Coordinator : Nelly Henry (Laboratoire Jean Perrin, CNRS UMR 8237)

CADENCE
- ANR AAP Générique  Challenge : Défi 5 "Sécurité alimentaire et défi démographique" (01/2017-09/2021)
Title : Propagation de processus épidémiques sur des réseaux dynamiques de mouvements d’animaux avec application aux bovins en France

Participants : G. Beaunée, C. Bidot, P. Hoscheit, E. Kuhn, S. Labarthe, C. Larédo, B. Laroche, M. Olteanu -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA-Oniris BioEpAR Nantes; ANSES LSAn Maisons Alforts; École Polytechnique CMAP Palaiseau

Coordinator : E. Vergu

CNV4SEL
- Métaprogramme SELGEN - AMI2015 (2015-2017)
Title : Strategies for CNV discovery in animal and plant species and their use in breeding

Participants : V. Loux, S. Derozier -
Team(s): Migale
Partners : GABI, SIgenae, URGI, MIA, AGAP, PEGASE, GENPHYSE,AGPF, EPGV

Coordinator : Dominique Rocha (GABI, Jouy en Josas)

France Génomique
- ANR - Investissement d'avenir (2013-2019)
Title : France Génomique

Participants : V. Loux, V. Martin, J.-F. Gibrat, S. Schbath, V. Martin -
Team(s): StatInfOmics / Migale
Partners : La majorité des plateformes de séquençage et de bioinformatiques en France

Coordinator : P. Le Ber

HydroGen
- ANR blanche (2014-2018)
Title : Comparative Metagenomic for Exploring Biodiversity. Application to Ocean Stream Studies

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Team(s): StatInfOmics
Partners : IRISA (Rennes), UMR 518 AgroParisTech-INRA (Paris), Genoscope (Evry)

Coordinator : D. Lavenier

ICycle
- ANR - AAP générique  Challenge : Défi 7: Société de l'information et de la communication.  Position : Axe 2: Théorie du contrôle (2017-01/2020)
Title : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes

Participants : L. Tournier, V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): BioSys
Partners : Inria (Sophia-Antipolis), IBV (Institut de Biologie de Valrose, Nice)

Coordinator : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)

ITN ProteinFactory
- ITN (2015-2018)
Title : ITN ProteinFactory

Participants : V. Fromion, A. Goelzer -
Team(s): BioSys
Coordinator : Jan Maarten Van Dijls

List_MAPS
- H2020 - ITN (10/2015-12-2019)
Title : Training and research in Listeria monocytogenes Adaptation through Proteomic and Transcriptome deep Sequencing Analysis

Participants : P. Nicolas, V. Fromion, S. Schbath -
Team(s): StatInfOmics / BioSys
Partners : Univ. Bourgogne (Dijon), Univ. College Cork (Ireland), KOBENHAVNS Univ., NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, Wageningen Univ (Netherland), SYDDANSK UNIV, ...

Coordinator : P. Piveteau (Univ. Bourgogne, Dijon)

MetaFoldScan
- MEM - MEM 2016 (2016-2018)
Title : MetaFoldScan aims at developing a user-friendly interface -experimentally validated- to scan metagenomes and identify fold hits associated to a target protein structurally characterized and with an identified activity.

Participants : V. Martin, S. Derozier, V. Loux, JM. Chatel, Nalini Rama Rao -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Micalis

Coordinator : G. André-Leroux

MICROCOSM
- MEM - Action spécifique (2016-2017)
Title : Multi-site exploration of microbiome in cows in relation to genetic susceptibility to mastitis

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath, J. Aubert -
Team(s): StatInfOmics
Partners : IHAP (Toulouse), BDR (jour), ISP, BAGI (Jouy), Herbivores, DEP, STLO (Rennes)

Coordinator : Sereine Even

ModChoCycle
- MEM 2016 (2016-2018)
Title : Modeling the cholesterol cycle with the interplay between the host and gut microbiota

Participants : S.Labarthe, B.Laroche -
Team(s): Dynenvie
Partners : Micalis/INRA (Jouy-en-Josas)

Coordinator : M.Rhimi (INRA, Jouy-en-Josas)

OpenMinTeD
- H2020 - E-INFRA H2020 (06/2015-05/2018)
Title : Open Mining INfrastructure for TExt and Data

Participants : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger -
Team(s): Bibliome
Partners : ARC, UNIVERSITY OF MANCHESTER, UKP-TUDA, INRA, EMBL, Agro-Know I.K.E, LIBER, UNIVERSITEIT VAN AMSTERDAM, Open University, EPFL, CNIO, USFD, GESIS, GRNET, Frontiers

Coordinator : Natalia Manola (ATHENA RESEARCH AND INNOVATION CENTER IN INFORMATION COMMUNICATION & KNOWLEDGE)

P-AHOL
- Metaprogram Gisa - réseau (2016-2017)
Title : Platform for integrating Animal Health in an operational Ontology Tool on Animal Livestock

Participants : Bibliome -
Team(s): Bibliome
Partners : Pégase (Rennes), Bioepar (Nantes), LPGP (Rennes), dépt SA (Val de Loire), GABI (Jouy), UMRH (Theix), MaIAGE (Jouy), GenPhySE (Toulouse)DEP (Rennes)

Coordinator : Marie-Christine Salaün (Pegase, Inra)

REDLOSSES
- ANR - AAPG2016  Challenge : Sécurité alimentaire et défi démographique (2016-2020)
Title : Réduction des pertes alimentaires par la prédiction des altérations microbiologiques

Participants : V. Loux, O. Rué -
Team(s): Migale
Partners : INRA-SECALIM, IFIP, INRA-MICALIS, Lubem, AERIAL, ITAVI, Cooperl Innovation, LDC, ULg-DDA

Coordinator : Monique Zagorec

SANT'Innov
- PSDR GO - PSDR4 (11/2015-11/2019)
Title : Innover dans les filières de produits animaux pour concilier écologisation et compétitivité : perspective santé animale

Participants : E. Vergu -
Team(s): Dynenvie
Partners : INRA-Oniris UMR 1300 BioEpAR Nantes; INRA UR 1404 MaIAGE; huit autres partenaires

Coordinator : F. Beaugrand (UMR BioEpAr, INRA-Oniris Nantes)

SystOmics
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2017)
Title : Systems approaches to study microbial consortia: Integrating meta-omics data to elucidate the functioning of lignocellulolytic microbial consortia.

Participants : M. Mariadassou, S. Plancade -
Team(s): StatInfOmics
Partners : LISBP, BPS (Toulouse), MaIAGE (Jouy-en-Josas)

Coordinator : G. Hernandez-Raquet

UGeBio
- INRA - AgriBio 4 (2015-2018)
Title : Utilisation et gestion de la biodiversité cultivée en agriculture biologique

Participants : O. David -
Team(s): Dynenvie
Coordinator : Isabelle Goldringer (INRA, UMR de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, 91 190 Gif sur Yvette)

Virome Access
- MEM - MEM-DI 2016 (2016-2018)
Title : Accessing to virus genomes out of metagenomics data: improving statistical and bio-informatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems

Participants : M. Mariadassou, S. Schbath -
Team(s): StatInfOmics
Partners : Micalis, MaIAGE (Jouy-en-Josas), GMPA (Grignon), LBE (Narbonne)

Coordinator : S. Chaillou, M.-A. Petit

Visa TM
- ANR blanche (2017-2018)
Title : Vers une infrastructure de services avancés pour le text-mining

Participants : Bibliome -
Team(s): Bibliome
Partners : DIST-INRA, LIRMM, INIST

Coordinator : claire Nédellec


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by Dr. Radut