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Networking

GDR


• GdR AIEM :
Approche Interdisciplinaire de l'Evolution Moléculaire (depuis 2015)

Le GDR 3765 "Approche Interdisciplinaire de l'Evolution Moléculaire" (AIEM) se propose de répondre à des questions fondamentales en biologie évolutive en empruntant des méthodes à la physique statistique et aux mathématiques appliquées. Poussée par une avancée technologique en constante mutation, la production toujours croissante de données moléculaires haut-débit (puces à ADN, exomes, génomes entiers) nous engage à mettre au point de nouvelles méthodes pour analyser ces très grands jeux de données et à repenser le cadre théorique dans lequel nous interprétons nos observations. De plus, elle nous incite à entamer une réflexion ouverte sur les atouts et les limites de l'utilisation de données moléculaires.

Les systèmes vivants, constitués d'un très grand nombre de molécules en interaction, peuvent être approchés par l'étude de leurs génomes. Bien que l'évolution des molécules du vivant soit un sujet d'étude en soi, il est également possible de les utiliser comme des marqueurs de l'évolution des organismes, voire des espèces qui les portent. Le groupe AIEM englobe donc ces deux facettes de l'évolution moléculaire : les molécules comme objets d'étude et les molécules comme marqueurs de l'évolution des organismes, populations et espèces.

AIEM repose sur plus de 90 équipes réparties dans une cinquantaine d'unités de recherche et travaillant sur des organismes et des thématiques variées. Les savoir-faire des différentes équipes couvrent un très large éventail allant des approches expérimentales aux modèles physiques et mathématiques, en passant par la bio-informatique et les bio-statistiques. Par un dialogue renforcé entre les chercheurs construisant des modèles et ceux ayant l'expertise des données expérimentales, le groupe se veut moteur de la convergence entre le cadre théorique et les observations.


• GT MASIM :
Groupe de Travail Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires (Mise en place fin 2017)
Theme(s) : Bioinformatique structurale

Member(s) of the relevant unit : Gwenaëlle André-Leroux

Le groupe de travail MASIM, créé à l’Automne 2017, est dédié à la bioinformatique structurale, et plus particulièrement consacré aux développements méthodologiques qui sous-tendent les méthodes bioinformatique en biologie structurale et vise à fédérer une communauté traditionnellement morcelée par la diversité des méthodes, granularité et types de molécules.

 

Porteurs F. Cazals (INRIA Sophia-Antipolis) et Y. Ponty (LIX, Ecole Polytechnique)

Réseaux


• IFB Groupe de Travail Galaxy :
Institut Français de Bioinformatique Groupe de Travail Galaxy
Theme(s) : mise à disposition d'outils, reproductibilité des analyses

Member(s) of the relevant unit : Sandra Derozier, Valentin Loux, Olivier Inizan

More : https://www.france-bioinformatique.fr/fr/groupes-de-travail/galaxy

Le Groupe de Travail Galaxy IFB (IFB Galaxy Working Group) a pour objectif de fédérer la communauté française autour de l'environnement Galaxy dédié aux workflows et d'établir des passerelles entre les différents projets/infrastructures.

Le GT Galaxy anime les communautés autour de trois thèmes principaux :

1. Architecture et optimisation avec un abord des problématiques d’exploitation en environnement de production, les possibilités d'automatisation des tâches de déploiement et les solutions de monitoring d’instances de serveurs Galaxy

2. Développement et intégration des outils en proposant des outils et des processus facilitant l’interfaçage des outils dans une instance Galaxy.

3. Formation à destination des bio-informaticiens (séminaires, ateliers, etc.) et biologistes en portant des actions de formations et d'animation au niveau national


• PEPI IDL :
PEPI Ingénierie du développement logiciel
Theme(s) : développement logiciel

Member(s) of the relevant unit : Olivier Inizan

More : https://idl.pepi.inra.fr/

Le PEPI IDL a pour mission d'organiser une animation et une expertise autour du développement d'application à l'Inra. Ce domaine est très vaste puisqu'il touche par  exemple à l'architecture logicielle, à la gestion du packaging et du déploiement, aux outils et pratiques collaboratifs, aux  langages, aux méthodes de développement, à la modélisation informatique, à l'informatisation des modèles scientifiques ... En résumé, il va de l'analyse des besoins à l'accompagnement au changement, en passant bien sûr par la conception.


• pole d'animation :
Pôle d'animation "Métagénomique, identification d'espèces, phylogénie" du PEPI IBIS (depuis 2012)
Theme(s) : métagénomique

Member(s) of the relevant unit : Anne-Laure Abraham

Le pole d'animation est un réseau d'échange sur les méthodes d'analyses de données métagénomiques amplicon et shotgun. Nous faisons environ 4 réunions par an depuis 2012. 5 personnes de MaIAGE participent à ce réseau.


• Stratege :
Statistique en Écologie et données Génomique (depuis 2016)
Theme(s) : statistiques; omiques; écologie

Member(s) of the relevant unit : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath

More : http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/stratege

Le réseau a pour objectif de réunir des statisticiens (intéressés par l'écologie appliquée) et des écologues (intéressés par la modélisation statistique) qui fondent leurs recherches sur des données génomiques. Il cherche à favoriser les interactions entre ces deux communautés, à créer une culture scientifique commune et à partager les méthodes et cadres méthodologiques.



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by Dr. Radut